
iso-cetsa:一站式分析DSFCETSA实验热分析图
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更新于2024-12-17
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DSFCETSA是一种实验技术,用于研究蛋白质热稳定性变化来分析药物与靶标蛋白的结合。本软件包由美国国立卫生研究院、NCATS(国家先进转化科学中心)以及UMD(马里兰大学)的Michael Ronzetti开发。iso-cetsa软件包使用R语言编写,并需要多个R库支持以实现其功能。
标题中提及的`iso-cetsa`名称可能是指“isoform-CETSA”或类似的缩写,意在强调该软件包处理的是与蛋白质异构体相关的CETSA数据。CETSA(细胞热漂移分析)是一种高通量技术,它通过测量蛋白质在热处理后的热稳定性变化来研究蛋白质-药物相互作用。
在描述中提到的所需包包括:
- library(tidyverse):一个包含多个R包的集合,用于数据处理和绘图等任务,包括dplyr、ggplot2等,是数据分析中的一个常用工具集。
- library(drc):一个专门用于拟合剂量-反应曲线的R包,可以处理各种非线性模型。
- library(stringr):用于字符串操作的R包,简化了字符串处理的任务。
- library(readxl):用于读取Excel文件的R包,方便了从Excel文件中导入数据。
功能列表中提到的两个主要函数具有以下用途:
- Construct_grid():这个函数用于创建一个与meltprot兼容的网格结构,meltprot可能是处理蛋白质融化曲线的某种工具或库。参数row_num和col_num定义网格的行数和列数,pad_num = FALSE可能意味着函数不会自动填充数据以匹配预期的网格大小。
- prepMatLabforMolt():这个函数用于读取MatLab文件,并将数据转换成适合MeltProt处理的格式。参数file_loc指定了MatLab文件的位置,sheet指定了Excel文件中的工作表名,col_names指定了是否包含列名,start_temp和end_temp定义了温度的起始和结束范围,这些温度范围可能是用于CETSA实验中不同加热阶段的设定。
最后,描述中提到了软件包附带的出版物,这暗示了有详细说明的文档或论文,这对于理解软件包的使用和CETSA实验的背景知识非常重要。
根据文件标签“HTML”,可以推测该软件包可能包含与HTML相关的文档或接口,例如用户指南、教程或在线帮助文档,但没有提供更详细的信息,因此无法确定具体细节。
文件名列表“iso-cetsa-main”表明,这是一个名为“iso-cetsa”的项目的主要文件或文件夹,其中可能包含了软件包的主体代码、文档、示例数据集和其他资源。"
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