GTDB-Tk基因组分类工具[代码]资源-CSDN下载

共3个文件

inscode：1个

html：1个

gitignore：1个

软件开发

源码

165 浏览量 2025-12-21 06:53:33 上传评论收藏 6KB ZIP 举报

本文介绍了微生物基因组分类数据库GTDB及其配套工具GTDB-Tk的使用方法。GTDB是基于大量基因组的系统发育分析构建的分类数据库，而GTDB-Tk则是一个用于对未知基因组进行分类的工具。文章详细说明了GTDB-Tk的安装步骤，包括通过Bioconda创建环境、安装工具及下载约27G的数据库文件。此外，还介绍了GTDB-Tk的主要功能和工作流程，如classify_wf和de_novo_wf，以及如何使用这些功能进行基因组分类。最后，文章提供了一个测试例子，展示了如何运行GTDB-Tk并查看结果文件。微生物基因组学是现代生命科学的一个重要分支，它研究微生物的基因组组成、结构、功能以及进化关系。GTDB（Genome Taxonomy Database）是一个微生物基因组分类数据库，它的构建基于大量的基因组系统发育分析。GTDB旨在提供一个稳定、可靠的微生物分类参考框架，有助于微生物学研究人员和学者进行比较基因组学研究和微生物分类的标准化工作。 GTDB-Tk是与GTDB配套的命令行工具，它可以让研究人员快速而准确地对未知的微生物基因组进行分类。GTDB-Tk的安装过程涉及通过Bioconda创建适当的计算环境，这是一个基于Anaconda的生物计算软件管理工具，能够方便地安装和管理复杂的生物信息学软件包和依赖关系。安装GTDB-Tk需要下载一个约27G大小的数据库文件，这是包含了大量基因组信息的GTDB核心组件，对于确保分类结果的准确性和可靠性至关重要。 GTDB-Tk的主要功能可以分为两个工作流程：classify_wf和de_novo_wf。classify_wf工作流程用于那些已有参考基因组的微生物分类，而de_novo_wf工作流程适用于完全未知或没有合适参考基因组的微生物的分类。在使用GTDB-Tk进行基因组分类时，研究人员首先需要准备输入的基因组数据，这可能包括组装后的基因组序列和注释信息。GTDB-Tk工具会利用其内部的系统发育树和GTDB数据库中的分类信息，进行比对分析，从而给出每个输入基因组的分类位置和相关细节信息。 GTDB-Tk的输出结果包含了基因组分类的详细信息，如门、纲、目、科、属和种级别的分类。此外，还可能包括系统发育树的位置信息以及该基因组与其他已知基因组的比较信息。这使得研究人员不仅能够得到分类结果，还能对所研究的微生物与其他已知微生物的关系有一个更深入的了解。为了帮助研究人员熟悉GTDB-Tk工具的使用，文章提供了一个测试的例子。在这个例子中，研究人员可以按照步骤运行GTDB-Tk，从安装到输入数据准备、执行分类分析，再到最终查看和解读结果文件。这个过程不仅教会了用户如何操作GTDB-Tk，而且通过实际操作加深了对工具功能和微生物分类知识的理解。文章的介绍和指南对于那些在微生物学研究领域工作的科学家和研究者而言，是一个宝贵的资源。GTDB和GTDB-Tk的结合，提供了一个强大的微生物分类和分析平台，有助于推进微生物系统发育学、生态学和进化生物学的研究。

资源推荐

资源详情

资源评论

收起资源包目录

GTDB-Tk基因组分类工具[代码].zip （3个子文件）

tt2pQqHu9m7nBZXrgaS9-master-0fbff62c75f5a27133652159fdf174ddf0b96c9e

index.html 19KB

.gitignore 1KB

.inscode 69B

<!DOCTYPE html> <html lang="zh-CN" data-theme="light"> <head> <meta charset="UTF-8"> <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0"> <title>GTDB-Tk: 微生物基因组分类工具</title> <script src="https://cdn.tailwindcss.com"></script> <link href="https://cdn.bootcdn.net/ajax/libs/daisyui/4.12.10/full.min.css" rel="stylesheet"> <link href="https://cdn.bootcdn.net/ajax/libs/font-awesome/6.4.0/css/all.min.css" rel="stylesheet"> </head> <body class="bg-gray-50">  <div class="hero min-h-[50vh] bg-gradient-to-br from-blue-600 to-purple-700 text-white"> <div class="hero-content text-center"> <div class="max-w-4xl"> <h1 class="text-5xl font-bold mb-6"> <i class="fas fa-dna mr-3"></i>GTDB-Tk </h1> <p class="text-xl mb-8 opacity-90"> 基于基因组分类数据库的微生物分类工具包 </p> <div class="flex flex-wrap justify-center gap-4"> <div class="badge badge-lg badge-outline text-white border-white">基因组分类</div> <div class="badge badge-lg badge-outline text-white border-white">系统发育分析</div> <div class="badge badge-lg badge-outline text-white border-white">微生物鉴定</div> </div> </div> </div> </div>  <div class="container mx-auto px-4 py-12 max-w-6xl">  <section class="mb-16"> <div class="card bg-white shadow-xl"> <div class="card-body"> <h2 class="card-title text-3xl mb-6"> <i class="fas fa-info-circle text-blue-600 mr-3"></i>工具概述 </h2> <div class="grid md:grid-cols-2 gap-8"> <div> <h3 class="text-xl font-semibold mb-4 text-gray-800">什么是GTDB-Tk？</h3> <p class="text-gray-600 leading-relaxed mb-4"> GTDB-Tk是一个基于基因组分类数据库（GTDB）的微生物分类工具包，专门用于对未知基因组进行自动化分类。 </p> <p class="text-gray-600 leading-relaxed"> 它能够处理大量的基因组序列，通过系统发育分析确定微生物的分类地位，帮助研究人员识别新物种。 </p> </div> <div class="bg-blue-50 p-6 rounded-lg"> <h4 class="font-semibold text-blue-800 mb-3">核心优势</h4> <ul class="space-y-2 text-blue-700"> <li><i class="fas fa-check mr-2"></i>自动化分类流程</li> <li><i class="fas fa-check mr-2"></i>基于120个单拷贝标记基因</li> <li><i class="fas fa-check mr-2"></i>支持细菌和古菌分类</li> <li><i class="fas fa-check mr-2"></i>标准化分类体系</li> </ul> </div> </div> </div> </div> </section>  <section class="mb-16"> <h2 class="text-3xl font-bold mb-8 text-center"> <i class="fas fa-cogs text-green-600 mr-3"></i>分类工作流程 </h2> <div class="grid md:grid-cols-3 gap-6"> <div class="card bg-white shadow-lg hover:shadow-xl transition-shadow"> <div class="card-body text-center"> <div class="text-4xl text-blue-600 mb-4"> <i class="fas fa-search"></i> </div> <h3 class="card-title text-xl justify-center">1. 基因预测</h3> <p class="text-gray-600"> 使用Prodigal预测基因组中的蛋白质编码基因 </p> </div> </div> <div class="card bg-white shadow-lg hover:shadow-xl transition-shadow"> <div class="card-body text-center"> <div class="text-4xl text-green-600 mb-4"> <i class="fas fa-crosshairs"></i> </div> <h3 class="card-title text-xl justify-center">2. 标记基因鉴定</h3> <p class="text-gray-600"> 使用HMMER鉴定120个细菌或122个古菌单拷贝标记基因 </p> </div> </div> <div class="card bg-white shadow-lg hover:shadow-xl transition-shadow"> <div class="card-body text-center"> <div class="text-4xl text-purple-600 mb-4"> <i class="fas fa-sitemap"></i> </div> <h3 class="card-title text-xl justify-center">3. 系统发育分类</h3> <p class="text-gray-600"> 基于标记基因构建系统发育树，确定分类地位 </p> </div> </div> </div> </section>  <section class="mb-16"> <div class="card bg-white shadow-xl"> <div class="card-body"> <h2 class="card-title text-3xl mb-6"> <i class="fas fa-download text-orange-600 mr-3"></i>安装指南 </h2> <div class="tabs tabs-boxed mb-6"> <input type="radio" name="install_tabs" class="tab" aria-label="Bioconda安装" checked /> <input type="radio" name="install_tabs" class="tab" aria-label="数据库下载" /> </div> <div class="space-y-6"> <div> <h3 class="text-xl font-semibold mb-4 text-gray-800">1. 创建Conda环境</h3> <div class="mockup-code"> <pre><code>conda create -n gtdbtk conda activate gtdbtk</code></pre> </div> </div> <div> <h3 class="text-xl font-semibold mb-4 text-gray-800">2. 安装GTDB-Tk</h3> <div class="mockup-code"> <pre><code>conda install -c bioconda gtdbtk</code></pre> </div> </div> <div> <h3 class="text-xl font-semibold mb-4 text-gray-800">3. 下载数据库 (~27GB)</h3> <div class="mockup-code"> <pre><code>wget https://data.ace.uq.edu.au/public/gtdb/data/releases/release89/89.0/gtdbtk_r89_data.tar.gz tar zxvf gtdbtk_r89_data.tar.gz</code></pre> </div> <div class="alert alert-warning mt-4"> <i class="fas fa-exclamation-triangle mr-2"></i> 数据库下载需要较长时间，请耐心等待 </div> </div> <div> <h3 class="text-xl font-semibold mb-4 text-gray-800">4. 配置数据库路径</h3> <p class="text-gray-600 mb-4">编�

评论收藏

内容反馈