使用picard工具去重自己的sam/bam数据

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已于 2022-10-11 10:17:24 修改

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文章标签： java android gradle

于 2022-10-11 10:14:29 首次发布

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本文介绍了如何使用Picard这个Java命令行工具处理高通量测序数据，特别是去重sam/bam文件。Picard依赖HTSJDK库，并且需要Java 1.8或更高版本。构建Picard采用gradle，通过特定命令可以生成包含或不包含依赖的jar文件，以及运行测试。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

Building Picard

Running Tests

去重自己的sam/bam数据

picard是一组用于操作高通量测序 (HTS) 数据和格式的 Java 命令行工具。

Picard 是使用 HTSJDK Java 库HTSJDK实现的，以支持访问通常用于高通量测序数据的文件格式，例如SAM和VCF。

Picard 现在在 Java 11 下构建并通过测试。这应该被认为是一个Beta功能。自 2.0.1 版（2015 年 11 月）起，Picard 需要 Java 1.8 (jdk8u66)。支持 Java 1.7 的最后一个版本是 1.141 版。

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