python实现序列比对之Needleman-wunsch算法 (附完整源码)

于 2024-11-26 08:27:59 发布
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分类专栏： python算法完整教程 文章标签： python 算法 开发语言
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python实现序列比对之Needleman-wunsch算法


下面是一个使用Python实现的Needleman-Wunsch算法的完整示例代码。该算法用于全局序列比对，适用于DNA、RNA或蛋白质序列的比对。 

import numpy as np

def needleman_wunsch(seq1, seq2, match_score=1, mismatch_score=-1, gap_penalty=-1
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用Python实现生信分析——序列比对（Sequence Alignment）详细讲解
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生物信息学（2）——双序列比对之Smith-Waterman(SW)算法详解
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Hethz的博客
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完全学自.https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm 还有内容会更新补充 编者按： 比对其实应该对应的单词是alignment，但往往特指低通量的序列之间的比较。比如10条序列，进行多序列比对就是我们常说的 multiple alignment问题；如果是2条序列的比对，我们经常称其为pairwise al...
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生物信息中的Python 01 | 从零开始处理基因序列
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一、 序列数据的下载 在开始了解序列的处理流程时，我们先要知道序列下载网址。其中一个知名的网站就是NCBI （National Center for Biotechnology Information）美国国立生物技术信息中心。 1、通过如下的网站进入 NCBI ，可以看到它包含许多的子库，其中 Gene 就是我们一般下载基因序列的库，接下来，在后面的输入框输入 oct4 并点击 Search。 ...
生物信息之多序列比对，进化树分析，保守位点分析
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一个用python编写的序列比对可视化工具 -- LINKVIEW
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