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RSS订阅原创 Perl基本语法
变量声明：Perl的变量使用特殊符号（如$、@、%）来标识其类型。例如，$表示标量（scalar）变量，@表示数组（array）变量，%表示哈希（hash）变量。循环结构：Perl提供了多种循环结构，如for、foreach、while、until等。条件语句：Perl支持常见的条件语句，如if、else、elsif、unless等。文件处理：Perl对文件处理提供了强大的支持，包括打开、读取、写入和关闭文件等操作。子程序：Perl中可以定义和调用子程序（也称为函数）来组织代码和实现可重用性。
2024-03-27 23:09:57
831
原创 ggplot2做图（填坑中）
数据做图1. 散点图 (scatter plot)2. 柱状图 (bar plot)3. 堆积柱状图 (stacked bar chart)4. 热图 (heatmap)
2023-09-18 18:14:07
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原创 qiita上传和分析16S rRNA数据
qiita（https://qiita.ucsd.edu/）是一个用于微生物组学研究的在线工具和资源库平台。本博客介绍了如何上传16S rRNA数据到qiita平台并对其进行分析。
2023-03-08 00:56:01
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原创 统计检验分析 (本文在chatGPT辅助下完成）
统计检验分析——t-test, Wilcoxon test, One way ANOVA, Kruskal-Wallis test
2022-12-10 00:25:10
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原创 lzsz安装下载
Ubuntu用户使用命令sudo apt-get install lrzsz安装。 Centos用户使用命令sudo yum install -y lrzsz安装。 如果没有根用户权限，可以从https://www.ohse.de/uwe/software/lrzsz.html下载源码安装 wget https://www.ohse.de/uwe/releases/lrzsz-0.12.20.tar.gztar xvzf lrzsz-0.12.20.tar.gzcd l...
2021-07-23 11:20:53
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原创 利用qiime2分析微生物组16S rRNA数据小结
混合双端、V3-V4区域测序，00.RawData已经进行了样本拆分、barcode去除和引物切除。每个样本文件夹里有5个文件，第一个extendedfrags.fastq文件是拼接后的序列，raw_1fq.gz和raw_2.fq.gz是未去barcode和引物的双端序列；最后两文件是去掉引物和barcode后的原始数据。extendedFrags.fastq文件是由flash软件合并双端序列（即reads拼接）所得。处理过程：1. 导入数据1）创建文件列表seq-list.tsv文
2021-07-07 13:51:37
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原创 一台电脑上同时使用两个github账户
1. 生成两个SSH key （shi yongssh-keygen -t rsa -C "one@gmail.com"ssh-keygen -t rsa -C "two@gmail.com"
2021-06-18 14:36:37
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原创 MacOS自动开机
MacOS取消自动开机：sudo nvram AutoBoot=%00重新启用自动开机：sudo nvram AutoBoot=%03开启开机音效：sudo nvram BootAudio=%01取消开机音效：sudo nvram BootAudio=%00
2021-04-12 11:56:57
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原创 Bash Shell脚本
Shell教程https://www.runoob.com/linux/linux-shell.html 示例： #!/bin/bashecho "Hello World !"#! 是一个约定的标记，它告诉系统这个脚本需要什么解释器来执行，即使用哪一种 Shellecho命令用于向窗口输出文本。运行方法：1.作为可执行程序：将上面的代码保存为 test.sh，...
2021-03-30 22:22:54
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原创 软件著作权申请
1. 登录中国版权保护中心网站（http://www.ccopyright.com.cn/；最好使用chrome浏览器），注册登录并实名认证（实名认证后需要等待一到三个工作日的人工处理）。2. 选择版权登记下的计算机软件著作权相关登记 -> 计算机软件著作权登记申请 -> 我是申请人3. 如果有多个著作权人，则应选择合作开发（需提交《软件合作开发协议书》） 软件合作开发协议书 甲方：XXX，身份证号：XX
2021-03-30 17:16:28
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原创 利用RcppArmadillo建立支持openmp并行的R程序包（整合C++函数）
准备工作（安装程序包并配置环境变量）：R软件：https://www.r-project.org/对应的Rtools：https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/Miktex：https://miktex.org/R需要安装 Rcpp和RcppArmadillo程序包：https://cran.r-project.org/web/packages/Rcpp/index.htmlhttps://cran.r-project.org/w..
2020-05-29 17:49:33
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原创 qiime2-2019.7 Ubuntu安装
采用Miniconda3安装QIIME2于Ubuntu 18.040.将系统默认python从python2改为python3sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2 100sudo update-alternatives --install /usr/bin/python py...
2019-11-05 14:25:50
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原创 linux系统下mysql安装
参考：https://www.cnblogs.com/bookwed/p/5896619.html?tdsourcetag=s_pctim_aiomsg1.下载可以直接复制64位的下载地址，通过命令下载：wgethttp://dev.mysql.com/get/Downloads/MySQL-5.6/mysql-5.6.33-linux-glibc2.5-x86_64.tar....
2018-10-15 18:27:21
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原创 使用setup.py打包python文件
setup.py# coding: utf-8from setuptools import setupsetup( name = "Test", py_modules = ['my_test', 'great_class'], entry_points = { 'console_scripts': ['Test ...
2018-10-15 15:57:25
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原创 SWIG： Python的list转为C++的char **类型
http://www.swig.org/Doc1.1/HTML/Python.htmlConverting Python list to a char **A common problem in many C programs is the processing of command line arguments, which are usually passed in an array ...
2018-10-11 12:21:19
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原创 通过swig实现Python调用C/C++
本文参考：https://www.zhihu.com/question/23003213CentOS swig安装：https://blog.csdn.net/kristenstewert/article/details/74623508Ubuntu swig安装：https://blog.csdn.net/veryitman/article/details/17398151<P...
2018-09-27 15:12:02
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原创 虚函数与纯虚函数
静态多态——函数重载动态多态——虚函数#include <iostream>using namespace std;class father { public: virtual void A() { cout << "father" << endl; } void B() { A(); }};class son...
2018-09-20 15:38:42
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原创 DAY17 Python做boxplot图常见问题及解决方案
终于做出了想要的boxplot图1）matplotlib API https://matplotlib.org/api/_as_gen/matplotlib.pyplot.html#module-matplotlib.pyplot2）解决LInux端没有GUI问题matplotlib.use('Agg')import matplotlib.pyplot as plt#而且必须添...
2018-07-16 15:53:21
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原创 DAY 9
linux文件（夹）重命名mv before.txt after.txtbefore.txt为修改前文件名after.txt为修改后文件名若after.txt已存在，则该文件会覆盖原文件重命名文件夹同上mv /a /b/c 将/a目录移动到/b目录下并重命名为c nohup Command &不挂断地执行命令（Command）本来输出到屏幕上的内...
2018-07-10 14:34:53
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原创 Day 4
box plot 箱型图ssh 登录服务器sz filename 从服务器下载一个文件sz filename1 filename2 下载多个文件sz dir/* 下载dir目录下的所有文件，不包含dir下的文件夹rz -E 文件拖拽上传less filepath 打开文件ls 查看目录ls -l 查看文件字节数ls -lh查看人好读的文件大小rm filen...
2018-07-05 16:51:57
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原创 Git的使用与常见问题解决
这是自己通过https://www.liaoxuefeng.com/wiki/0013739516305929606dd18361248578c67b8067c8c017b000学习使用Git整理的笔记，与教程内容有大量重复，侵删。一、安装GitGit官网：https://git-scm.com/downloads安装完成后，进行设置，在命令行输入：git config --global user...
2018-06-07 15:06:19
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转载 优先队列priority_queue 用法详解
转载自http://www.cnblogs.com/void/archive/2012/02/01/2335224.html（有修改）优先队列priority_queue 用法详解优先队列是队列的一种，不过它可以按照自定义的一种方式（数据的优先级）来对队列中的数据进行动态的排序每次的push和pop操作，队列都会动态的调整，以达到我们预期的方式来存储。例如：我们常用的操
2017-02-26 15:48:52
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原创 最大堆
#include #include #include #include #include #include using namespace std;const int INF = 0x3f3f3f3f;struct node { int *num; int Size; //堆的当前元素数量 int Capacity; //堆的最大容量};node *Cr
2017-02-26 15:28:04
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原创 用优先级队列优化dijkstra
历届试题 大臣的旅费 试题链接时间限制：1.0s 内存限制：256.0MB问题描述很久以前，T王国空前繁荣。为了更好地管理国家，王国修建了大量的快速路，用于连接首都和王国内的各大城市。为节省经费，T国的大臣们经过思考，制定了一套优秀的修建方案，使得任何一个大城市都能从首都直接或者通过其他大城市间接到达。同时，如果不重复经过大城市，从首都到达每个
2017-02-25 21:55:04
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原创 二叉搜索树
http://paste.ubuntu.com/ 一个粘代码的好地方#include #include #include #include #include #include #include #include using namespace std;struct node { int num; struct node *left;
2017-02-20 21:48:07
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转载 Miller-Rabin素数测试学习笔记
转载自：http://www.cnblogs.com/vongang/archive/2012/03/15/2398626.html说Miller-Rabin测试以前先说两个比较高效的求a*b% n 和 ab %n 的函数，这里都是用到二进制思想，将b拆分成二进制，然后与a相加（相乘）// a * b % n//例如: b = 1011101那么a * b mod n = (a
2016-11-04 11:31:53
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转载 C++ STL list
List 容器list是C++标准模版库(STL,Standard Template Library)中的部分内容。实际上,list容器就是一个双向链表,可以高效地进行插入删除元素。使用list容器之前必须加上头文件：#include;list属于std命名域的内容，因此需要通过命名限定：using std::list;也可以直接使用全局的命名空间方式：using namespace
2016-11-03 20:33:12
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转载 hdoj 4408 Minimum Spanning Tree 求最小生成树的数目
最小生成树计数-Kruskal+Matrix_Tree定理基本介绍给定一个含有N个结点M条边的无向图,求它最小生成树的个数t(G);算法思想抛开“最小”的限制不看,如果只要求求出所有生成树的个数,是可以利用Matrix-Tree定理解决的;此定理利用图的Kirchhoff矩阵,可以在O(N3)时间内求出生成树的个数;kruskal算法将图G={V
2016-10-25 20:07:59
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转载 acm中java的使用
转自http://www.cnblogs.com/XBWer/archive/2012/06/24/2560532.html这里指的java速成，只限于java语法，包括输入输出，运算处理，字符串和高精度的处理，进制之间的转换等，能解决OJ上的一些高精度题目。1. 输入：格式为：Scanner cin = new Scanner (new BufferedInputSt
2016-10-22 16:25:59
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原创 JAVA大数处理(BigInteger,BigDecimal)
Java中有两个类BigInteger和BigDecimal分别表示大整数类和大浮点数类。这两个类都在java.math.*包中，因此每次必须在开头处引用该包。Ⅰ基本函数：1.valueOf(parament);//将参数转换为制定的类型2.add(); //大整数相加3.subtract(); //相减4.multiply();
2016-10-21 23:45:02
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原创 hdoj4741 求空间中不平行的两条直线的最短距离及最短线段与两直线的交点
Save Labman No.004Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others) Memory Limit: 32768/32768 K (Java/Others)Total Submission(s): 2115 Accepted Submission(s): 711Problem DescriptionDue to
2016-10-19 21:43:23
2784
转载 C++大数模板
分别使用C++中的运算符重载的方法来实现大数之间的数学运算，包括加法、减法、乘法、除法、n次方、取模、大小比较、赋值以及输入流、输出流的重载。。并且使用这个大数模板，顺利AC了HDOJ上的1134这个题目的Catalan数计数问题。。http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=1134大数模板的代码如下：#include
2016-10-15 14:23:19
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原创 hdoj 5037 Frog（贪心）
FrogTime Limit: 3000/1500 MS (Java/Others) Memory Limit: 262144/262144 K (Java/Others)Total Submission(s): 3641 Accepted Submission(s): 908Problem DescriptionOnce upon a time, th
2016-10-13 22:04:16
311
原创 hdoj 5015 233 Matrix
233 MatrixTime Limit: 10000/5000 MS (Java/Others) Memory Limit: 65536/65536 K (Java/Others)Total Submission(s): 2012 Accepted Submission(s): 1177Problem DescriptionIn our daily l
2016-10-12 00:20:30
249
原创 矩阵快速幂
矩阵乘法单位矩阵很明显的可以推知，任何矩阵乘以单位矩阵，其值不改变。#include #include #include #include #include #include using namespace std;typedef long long ll;const int NI = 15;struct Mat {
2016-10-11 21:06:30
304
转载 递归算法的时间复杂度终结篇
原文在算法的分析中，当一个算法中包含递归调用时，其时间复杂度的分析会转化成为一个递归方程的求解。而对递归方程的求解，方法多种多样，不一而足。本文主要介绍目前主流的方法：代入法，迭代法，公式法，母函数法，差分方程法。 【代入法】代入法首先要对这个问题的时间复杂度做出预测，然后将预测带入原来的递归方程，如果没有出现矛盾，则是可能的解，最后用数学归纳法证明。 【举
2016-09-29 21:15:27
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转载 POJ2559 最大矩形面积
给定从左到右多个矩形，已知这此矩形的宽度都为1，长度不完全相等。这些矩形相连排成一排，求在这些矩形包括的范围内能得到的面积最大的矩形，打印出该面积。所求矩形可以横跨多个矩形，但不能超出原有矩形所确定的范围。建立一个单调递增栈，所有元素各进栈和出栈一次即可。每个元素出栈的时候更新最大的矩形面积。设栈内的元素为一个二元组（x, y），x表示矩形的高度，y表示矩形的宽度。若原始矩
2016-09-07 11:18:02
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原创 hdoj5805 NanoApe Loves Sequence && hdoj 5806 NanoApe Loves Sequence Ⅱ
NanoApe Loves SequenceTime Limit: 2000/1000 MS (Java/Others) Memory Limit: 262144/131072 K (Java/Others)Total Submission(s): 219 Accepted Submission(s): 92Problem DescriptionNano
2016-08-06 22:11:36
446
原创 极角排序
#include #include #include #include #include using namespace std;struct point { long long x, y; int f;//代表在哪一个象限 friend point operator - (point a, point b) { return (point){a
2016-08-05 17:38:12
329
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