t-SNE和PCA算法介绍(原作者写得很好.推荐一下)

主成分分析PCA算法
https://www.cnblogs.com/zhangchaoyang/articles/2222048.html
从SNE到t-SNE再到LargeVis
http://bindog.github.io/blog/2016/06/04/from-sne-to-tsne-to-largevis/
t-SNE和PCA介绍
https://www.jianshu.com/p/8c20b975a174

### T-SNEPCA的区别 #### 主要差异 t-SNE(t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding)PCA(Principal Component Analysis)都是常用的降维技术,但在原理应用上存在显著区别。 - **线性 vs 非线性** PCA是一种线性降维方法,通过寻找数据的最大方差方向来进行投影[^2]。而t-SNE则属于非线性降维算法,旨在保持高维空间中的局部结构,在低维表示中尽可能保留相似度关系[^1]。 - **全局 vs 局部结构保护** PCA倾向于捕捉整个数据集的整体趋势或主要成分,适合于探索整体模式;相比之下,t-SNE更专注于维护样本间的局部邻近关系,对于揭示复杂的簇状分布特别有效。 #### 应用场景对比 ##### PCA的应用场合 适用于希望简化特征维度的同时仍能较好反映原始变量间的关系的情况,比如图像压缩、基因表达数据分析等领域。当目标是减少噪声并提取最重要的信息时,PCA通常是首选工具。 ```python from sklearn.decomposition import PCA pca = PCA(n_components=2) X_pca = pca.fit_transform(X_high_dimensional) ``` ##### t-SNE适用范围 常用于可视化复杂多模态的数据集合,尤其是在单细胞RNA测序分析中用来展示不同类型的细胞群体之间的相对位置。由于其能够很好地展现微观层面的聚类特性,因此成为生物信息学研究的重要手段之一[^3]。 ```python from sklearn.manifold import TSNE tsne = TSNE(n_components=2, perplexity=30.0, n_iter=1000) X_tsne = tsne.fit_transform(X_high_dimensional) ```
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