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原创 width,height的顺序-Resize,RandomCrop

RandomCrop 使用 (height, width) 的格式 - 因为它是直接基于 numpy array 的 shape 操作,而 numpy array 的 shape 遵循 (height, width, channels) 的格式。mmdetection中,

2025-05-08 15:22:01 186

原创 mimics怎么导入python环境

要保证指定的路径同时有python35.dll和python3.dll。

2025-04-23 15:53:42 217 1

原创 怎么安装python3.5-以及怎么在这个环境下安装包

清华源和阿里源已经都删除3.5了,如果用那些源安装的话会提示。

2025-04-21 15:44:35 309

原创 .dcm转mhd

这一行很重要,否则会导致生成的.mhd文件的size为[0, 0, 0]以下代码为针对单张X片的,如果是对CT or MRI,需要做相应的修改。数据类型可以修改,但是。

2025-03-26 15:29:42 176

原创 Mobaxterm 怎么避免连接断开,导致自己在跑的程序终止

有时候跑训练模型需要运行很久,中途网络断开导致训练中断。比如从 python train.py。在训练命令前加一个nohup。

2024-12-12 09:56:43 1345 1

原创 error LNK2001: 无法解析的外部符号 “__declspec(dllimport) XXX 解决办法

cpp 文件是代码实现主体,编译成.obj 目标文件,.h 文件用于声明函数等供.cpp 使用,.lib 静态库和.dll 动态库提供可复用代码。xxx.obj : error LNK2001: 无法解析的外部符号 "__declspec(dllimport) public: bool __cdecl xxx::xxx::xxx::xxx....cpp, .h, .obj, .dll, .lib, .sln的相互关系。在生成某个项目的时候出现Bug。对于我的问题,后来是通过。

2024-12-10 09:52:59 3961

原创 在网络限制下pip安装包

因为单位对网络的访问有限制,正常安装pip install xxx不能成功。

2024-10-29 11:40:30 152

原创 anaconda3-2.5.0对应的python版本

Anaconda3-2.5.0-Windows-x86_64对应的python版本是3.5。

2024-10-28 20:46:08 251 1

原创 winscp 服务器异常关闭网络连接

最后重启服务器解决了问题【捂脸】

2024-05-15 22:42:56 653

原创 JHU大论文数据库

可以下载JHU的大论文,不需要收费,由挺多不错的大论文。

2024-03-25 11:04:50 208

原创 修复wordpress安全漏洞

用wordpress建了一个网站,但是学校反映说存在安全漏洞,通过接口https://xxx.xxx.edu.cn/?rest_route=/wp/v2/users/可以访问到一些内容,希望可以关闭这个接口。(因为我安装wp的时候是基于apache去配置的,修改的是.htaccess这个文件,如果你是基于Nginx的话,需要修改的是Nginx对应的文件)(这个文件在你安装的wordpress路径下,比如我的在/var/www/html/.htaccess)修改后在这个接口下就返回不了啥有效信息了。

2024-02-04 12:00:58 1398 1

原创 fix bug: FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: ‘nvcc‘

运行的代码设计pycuda,会调用nvcc,确定已经安装cuda toolkit,在terminal中云运行。在pycharm中添加cuda toolkit路径 (像在~/.bashrc中那样)

2024-01-24 13:53:51 986

原创 在Ubuntu上安装pycuda记录

1. 安装CUDA Toolkit 11.8从MZ小师妹的摸索过程来看,其他版本的会有bug,12.0的版本太高,11.5的太低(感谢小师妹让我少走弯路)参考网址:CUDA Toolkit 11.8 Downloads | NVIDIA Developer在命令行输入命令: 2. 确定自己用的是cuda 11.8:如果不是,在自己的~/.bashrc文件中添加路径:3. 安装pycuda:conda install -c conda-forge pycuda4. 测试pycuda:来

2024-01-23 14:30:15 1396 1

原创 sqrt(1./x)和sqrt(1.0/x)得到的结果不同 matlab

在大多数情况下,当您打算对数组执行逐元素操作时,应使用。所以,关键的区别在于 MATLAB 如何处理。的区别在于它们如何处理数组和数据类型。MATLAB中的两个表达式。

2024-01-10 12:47:37 514

原创 在Linux运行LaTeX

文件比较大,这步花的时间多一点,不过也不会太多,感觉5分钟十分钟的样子吧。这一步是安装一个类似在windows系统下的TaTeX GUI软件。下载对应版本安装包安装。

2023-12-29 09:50:52 1452

原创 linux上比较好的截图软件

windows上习惯用snipaste,所以快捷键还是设置成了F1。

2023-12-27 20:17:17 534

原创 在linux下添加中文输入

2. 点击左下侧搜索language support,把keyboard input method system改成Fcitx 4。成功,这时候你的右上角应该有一个中文/英文的标识,默认的切换快捷键是shit。1. 打开左侧的software下载安装Fcitx。3. input source把中文放在最前面。一共三个步骤,过程中有参考。

2023-12-27 15:14:39 2089

原创 np.repeat()的注意事项

对于一个shape为(3, 2)的矩阵a, b = a.repeat(9, axis=1)。那b[:, :9]是相同的,b[:, 9:]是相同的,意见。是先每个元素repeat,而不是2个2个repeat。

2023-11-15 11:31:23 136

原创 RuntimeError: Unable to find a valid cuDNN algorithm to run convolution

torch.backends.cudnn.benchmark = True

2023-08-21 00:40:25 289

原创 OMP: Error #15: Initializing libiomp5md.dll, but found libiomp5md.dll already initialized.

我是因为在torch下和anaconda下都包含了libiomp5md.dll这个文件,把torch下的这个文件删除就可以了。

2023-08-14 11:46:34 142

原创 SiddonGpu编译过程记录

SiddonGpu编译过程记录

2023-07-25 20:02:35 391 1

翻译 numpy计算两条直线的角度

可以把计算两条直线的角度转换成计算两个向量的角度问题,这样可以用numpy的点乘(np.dot())很好地解决,可以很容易扩展维度

2023-02-11 14:53:06 825 2

原创 cv2.circle()参数说明

cv2.circle()第一个是在哪张图上增加圆,第二个参数表述圆心位置,接着半径,颜色,线的宽度。特别需要注意的是第二个参数,这里(x,y)对应着原图的(y, x)

2023-02-08 14:41:31 1283 1

原创 cv2.HoughCircles return None

cv2.HoughCircles return None可能原因:如果输入的是二进制图像,前景要是255,不是1

2023-01-03 17:04:04 442

原创 3D Slicer Markups模块 标记点使用简易说明

3D Slicer Markups模块 标记点使用简易说明

2022-12-29 10:14:53 1145

原创 3D Slicer Volume Rendering模块使用简单说明

3D Slicer Volume Rendering模块使用简单说明

2022-12-28 22:40:00 1884 1

转载 nib plt可视化

结合nibabael和plt简单二维可视化3D医学图像

2022-12-15 15:42:35 259

转载 SimpleITK resample 到固定尺寸

比如想把[48, 48, 32]的数据采样成[64, 64, 64]. Spacing可以会改变

2022-08-24 17:29:16 549

原创 np.concatenate()卡住

2022-07-05 15:20:24 532 1

原创 怎么把png转成eps,及注意事项

bmeps -c image.jpg image.eps如何将 png 图片转换为 eps ? - 知乎

2022-03-28 17:05:16 4556 1

原创 SimpleITK写入数据

1. 问题如果直接用sitk.GetImageFromArray(),然后sitk.WriteImage(),会使得生成的数据spacing,Origin等属性都变成默认的,比如spacing会变成[1,1,1]# lost header, including spacingimg_npy = sitk.GetArrayFromImage(img_sitk)new_img_npy = img_npy[z_begin: z_end, :, :]new_mask_npy = mask_npy[z_

2022-03-28 10:42:12 3652 3

原创 conda环境迁移

1. 问题描述想从一台服务器导出python环境到另一台服务器。2. 解决办法(来自conda环境转移复制和pip包的转移复制 - 简书)(1) conda activate base (假设想导出的conda环境叫base)conda导出已有环境:(2)conda env export > environment.yaml环境会被保存在 environment.yaml文件中。当我们想再次创建该环境,或根据别人提供的.yaml文件复现环境时,可以:(3) conda en

2022-03-07 16:14:56 2236

原创 pycharm左上项目信息为空

1. 问题描述有时候pycharm Project下不显示出来文件2. 解决办法:setting-project-project structure,把右侧的add content root的内容删掉

2022-03-01 13:25:45 1228

原创 nii文件转换方向

1. 我想把RPI转成RAI2. 方案(目前测试行不通)import nibabel as nibimport numpy as npdef compute_orientation(init_axcodes, final_axcodes): """ A thin wrapper around ``nib.orientations.ornt_transform`` :param init_axcodes: Initial orientation codes

2022-02-28 17:11:49 4107 3

原创 list的一些奇怪现象

rect_i =[[[127, 158], [251, 512]], [[127, 158], [251, 512]]]rect_i[0][1][1] = 0然后rect变成了 [[[127, 158], [251, 0]], [[127, 158], [251, 0]]]没搞懂为啥后来搞得很复杂:leftf_lu = copy.deepcopy(rect_i[0][0]) # left_femur_left_up_pointleftf_rd = copy.deepcopy(rect_.

2022-02-24 11:51:43 4519

原创 cv2.resize

尤其注意,dsize的tuple是(w, h),而不是(h, w), fx是height的缩放比例,fy是width的缩放比例函数使用可以参考opencv学习笔记二十三:cv2.resize函数详解_耐心的小黑的博客-CSDN博客_cv2resize函数

2022-02-17 15:39:28 1674

原创 plt 画矩形

1. 问题在CT图像上画矩形,cv2虽然画矩形很方便,但是显示CT图的时候灰蒙蒙的(还不知道是什么原因),plt显示CT图像正常,直接用plt画矩形算了cv2.rectangle(img_slice0, left_xy1, left_xy2, (0, 0, 255))cv2.imshow("rect",img_slice0)cv2.waitKey(0)cv2.destroyAllWindows()2. 解决办法plt显示图像添加矩形plt.imshow(img_slic

2022-02-16 13:50:23 5202

原创 Debug: one of the variables needed for gradient computation has been modified by an inplace operati

pytorch Debug记录1. 问题描述网络能计算出output,也能计算loss,但是在loss.backward()会报错:RuntimeError: one of the variables needed for gradient computation has been modified by an inplace operation2. 解决办法开始我以为是网络结构的问题,就一直找网络那里,后来发现是loss的问题(loss和网络都是继承于nn.Module),我在定义l..

2021-09-08 13:43:54 194

原创 nii文件中的方向理解

记录理解,原文见http://www.grahamwideman.com/gw/brain/orientation/orientterms.htm1. 方向定义也就是说:superior-inferior -> 头到脚anterior-posterior -> 正脸到后脑勺right-left -> 右半边到左半边这些都是以病人为中心来说的另:simpleITK里面一些基本概念https://simpleitk.readthedocs.io/en/m.

2021-07-07 21:58:59 8051 6

原创 该网页无法正常运作xxxx将您重定向的次数过多

1. wen

2021-06-01 09:36:20 6764

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