GWAS-data1
这个数据,来源于github的数据,修改了里面一些bug,重新整理了一下。
原来的数据地址: https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial/
1_QC_GWAS
文件夹
主要是根据一些常用的基因型数据质控,包括maf、缺失、杂合度、哈温平衡等。
其中1_Main_script_QC_GWAS.txt里面包括所有运行的代码,基因型文件是plink格式的二进制文件, .R 是几个用于检测结果以及可视化的R脚本,我们后面会依次讲解这些代码。
2_Population_stratification
这部分,主要是群体结构分析,包括MDS分析。
3_Association_GWAS
里面主要包括常用GWAS分析方法。
整套GWAS配套数据想要领取可私信。