如何使用freesurfer对T1w结构像进行分区指标的提取？——皮层面积，灰质体积，平均厚度，厚度标准差，平均曲率、高斯曲率、曲率指数、折叠指数

在使用Freesurfer处理Schaefer 400脑区模板并将其映射到个人解剖空间后，提取个体脑区的统计指标通常涉及以下几个步骤： 1. **脑区定位**：首先，通过`recon-all`命令对个体的T1 MRI数据进行表面重建（包括灰质、白质等分割），然后使用`aparc_sub.sh`脚本将Schaefer的脑区标签应用到个人的大脑皮层表面上。 2. **脑区统计**：使用`mri_vol2surf`工具将每个脑区的体积从VTK文件转换成 SurfStat可用的ASCII文件。这个命令会计算每个脑区的表面积和平均曲率等信息。 ```shell mri_vol2surf -i [your_subject] aseg.stats -s [subject] lh.surf.gii -o lh.[brain_area].stats ``` 类似地，对于右侧大脑半球也需要执行相同的命令。 3. **整合数据**：收集所有脑区的统计结果，可以使用`wb_command`或者` SurfStat`软件包内的函数，比如`wb_command -volume-stats`或`surfsplit`来汇总每个个体各脑区的数据。 4. **分析**：对于每个感兴趣的指标（如体积、厚度、表面积），你可以使用统计软件（如SPSS、R、MATLAB等）进行描述性分析（平均值、标准差）、比较不同脑区间的差异或与其他研究进行对比。 5. **可视化**：最后，可以用FreeSurfer自带的工具或者第三方软件（如FSL, BrainNet Viewer等）生成脑图，显示各脑区的统计结果。