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RSS订阅原创 Gromacs分子动力学模拟学习基本路线
本文介绍了Gromacs分子动力学软件的学习与使用要点。Gromacs学习难度适中，CPU版安装约需半天，GPU版要求较高需英伟达显卡支持。建议新手从CPU版开始，通过案例实践快速入门，推荐参考《GROMACSTutorial》中相关案例。如需深入系统学习可参加专业培训。安装时可参考白三叶博主或作者提供的教程，遇到报错需仔细检查教程步骤。整体而言，掌握基础操作后即可快速应用于实际研究场景。
2025-05-25 22:14:34
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原创 酶动力学参数预测工具Catapro的安装与使用
文章介绍了一款发表在《Nature Communications》上的软件CataPro，该软件能够通过输入酶及其底物来预测动力学参数。安装步骤包括从GitHub下载软件、创建并激活Conda环境、安装PyTorch及其他依赖包，并下载必要的模型文件到指定目录。使用该软件时，需准备一个CSV文件，然后在CataPro的inference文件夹中运行Python脚本，指定输入文件、模型路径、批处理大小、设备及输出文件路径。执行后，软件将生成包含不同酶动力学参数的CSV文件。
2025-05-22 23:22:07
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原创 蛋白质突变零样本预测以及稳定性预测工具SPIRED的安装
第一次安装了两天终于解决，结果用完了直接删掉了。结果最近又需要，用了一下午重新摸清楚了，又走了一些弯路。因此需要记录下来便于各位少走弯路。
2025-05-19 21:48:23
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原创 快速安装Linux版本的Autodock tools（常用于加氢、加电荷）
上一期介绍了安装autodock vina以及openbabel的快速办法。openbabel其实就已经可以实现蛋白以及配体的加氢、加电荷了。使用linux版本的autodock tools也可以实现这个操作，且有报道说使用这个更适合为蛋白以及小分子加氢加电荷。所以我也整理了一下安装过程。
2025-02-13 00:19:17
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原创 分子对接工具autodock vina核心配套软件的快速安装！（Linux版本，使用conda安装）
autodock vina可以实现批量分子对接。核心软件除了下面两个，还有autodock tools（蛋白质预处理）以及pymol（可视化）。但是核心对接的只有两个openbabel(处理小分子)，autodock vina（进行对接）。本帖子只关注这两个的安装。若在windows上也有conda环境，那么安装也是和下面的一样的。
2025-02-12 00:52:16
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原创 使用大模型处理蛋白质序列信息之模型的部署
可以实现，输入蛋白质序列，输出蛋白质序列的embedding，预测其结构。大语言模型通过自监督的方式，学习了million级以上的蛋白质序列信息，蛋白质序列信息则又与语言类似，因此学习到了大量的信息。这个可以输入蛋白质序列，输出序列的向量表示，可以用于多种下游任务！（学计算机的可能难以知道有哪些新的下游任务，但我是生化背景，知道各种下游任务，都可以做文章）下面的代码需要在python的环境中运行。主要可以获得其对蛋白质序列的编码信息embedding，便于对蛋白质序列进行下游的任务；
2025-01-05 18:14:31
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原创 Gromacs GPU版本的安装
开启与否运算速度差距巨大（有报道说差距60倍），因此本文参考了其他文章，提出了可安装Gromacs GPU版本的方法，供诸君参考。，再安装Gromacs才可以实现GPU功能的开启，否则只能获得不带GPU的版本的，且安装过程中会出现一些小报错。安装好cmake(不同Linux有概率自带，自己检查，若无，自己搜安装方法)安装好gcc（不同Linux有概率自带，自己检查，若无，自己搜安装方法）安装cuda(不同Linux有概率自带，自己检查，若无，自己搜安装方法)，几行代码解决，这个是参考这位同志的。
2024-12-30 23:05:51
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原创 大模型，是否会为食品行业带来实质性价值？
本文总结了大模型的定义以及历史发展路径，总结了此前AI在食品领域的应用，并结合大模型的特性，对其在食品领域的可能的应用提出了预测。
2024-03-19 21:03:33
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原创 一文理解机器学习在近红外光谱数据建模中的应用（以python代码为例，但其他软件或许也可实现）
很有意思，近红外光谱数据建模的逻辑实际上就是机器学习的逻辑，但很多2022年以前的近红外光谱数据建模的文章均不提到机器学习，但今年很多文章逐渐提到，且很多在食品领域的顶刊上。论难度，其实相比于机器学习在其他领域的研究，难度极低，但在食品领域却是创新——因为将机器学习用于食品的研究实在太少了。
2024-02-15 23:33:43
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原创 一文理解近红外光谱数据建模步骤的细节（细节知识总结）
上一篇文章，向入门的同志大体介绍了近红外光谱数据建模的内容，依据上文其实已经可以基本完成数据建模的工作，但是很多工作不够细致，本文便是分享其中的一些技术细节。
2024-02-15 22:47:30
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原创 分子对接发现，mol2使用autodock tools(linux版本）转化为pdbqt文件后，在discovert studio上看发现化学键是断裂的，这是正常的吗？
太奇怪了，化学键居然是断裂的...
2023-10-30 18:46:14
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原创 AttributeError: module ‘distutils‘ has no attribute ‘version‘（jupyter notebook）
AttributeError: module 'distutils' has no attribute 'version'（jupyter notebook）的解决办法
2023-01-09 00:47:33
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空空如也
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