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RSS订阅原创 2*4090+Centos7.9 运行CP2K-GPU镜像
6,运行cp2k，X为绑定的cpu核数，自己测试多少核性价比高。我的机器2个4090，设X=8，跑下面的任务6s一步，X=4，9s一步，X=2，16s一步。反正GPU跑CP2K不划算。这个教程主要是安装nvidia-docker2，并用docker运行CP2K-GPU版镜像。3，安装nvidia-docker2。5,拉取cp2k-gpu版，源自。4, 开启科学上网，打开网站。1,安装docker-ce。2, 启动Docker。
2025-03-26 10:56:42
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原创 VMD插件—DensityCalculator：计算模拟轨迹的粒子密度分布图
在分子动力学（MD）模拟中，原子级的结构信息表征是材料建模和模拟领域研究人员的一项必要任务。密度分布的可视化通常是结构表征中最重要的属性之一。Visual Molecular Dynamics（VMD）是一种广泛使用的分子可视化程序包，它不仅可以可视化复杂的分子系统，还可以通过集成特殊插件或运行内部生成的TCL脚本来执行分析。但是，密度分析仍不是VMD的内置功能。这项工作提出了一种可在VMD中使用的灵活且易于使用的TCL代码，该代码可以在给定系统的任何指定局部区域上执行1D和2D密度计算。
2025-01-03 22:15:00
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原创 python 音频转文字
注意：如果from pydub import AudioSegment的时候出现warning，那么ffmpeg可能需要从。解压至安装路径speech_recognition\pocketsphinx-data\下。python版本3.10.14 （最好大于3.8）文件夹重命名为zh-CN。子文件/夹按下图重命名。，下载Mandarin下的压缩包。下载，并加入系统环境变量。2，下载中文语音识别包。
2024-08-28 19:22:22
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原创 MOFid安装及使用
，安装过程都是默认选项，最一步选择 `cmake`, `make`, `wget`, `gcc-core`, `gcc-g++`, and `pkg-config` packages 进行安装。3，批量提取拆分后的文件（整体思路先提取所需的含拆分后cif文件的所有文件夹，再从中提取所需的cif）该批处理文件使用的前提是需要提取的文件仅在文件夹下一级，因此也可以直接批量提取拆分后文件夹下的“该例子是提取所有的拆分后的MOF的MetalOxo文件夹下的linkers.cif文件。右上角打开安装完毕后的路径“
2024-08-26 11:21:55
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原创 CP2K-2024.1离线安装（Centos7.9）
按目前网上的安装教程始终安装不了elpa-2023。换成2021的版本或者--with-elpa=no之后，尽管toolchain可以顺利安装，后面cp2k编译也会报错。改成--with-gcc=install。6，删除install和build中文件夹，将scirtp/install_gcc.sh中gcc的版本改为14.1，重新执行以上步骤。如果同样报错，将cp2k整个安装包删了重新解压，重新执行以上步骤。3，通过toolchain重新安装CP2K依赖的库。2，把前面安装过的install文件夹清空。
2024-08-16 22:19:51
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原创 CentOS7.9 安装 CP2K9.1
4，CentOS 安装singularity。3，nvidia-docker安装。已安装530.30.02，省略。2， Docker安装。5,安装cp2k，来源。1，Nvidia安装。
2023-12-21 15:43:49
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原创 GROMACS-2023.2 安装（GPU加速）
5，cuda12.1 路径加入到bashrc（bin、lib、include都要）（注意bashrc路径要加入在最后一行，否则不生效，天知道什么bug）1，cmake3.25.2安装，路径加入到bashrc。4，Openmpi4.1.1 路径加入到bashrc。cmake失败基本需要删掉build重新cmake。2，gcc版本9.3，路径加入到bashrc。3，fftw版本3.3.10。
2023-07-24 19:44:25
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空空如也
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