western blot蛋白条带灰度值扫描——python

最新推荐文章于 2024-03-06 11:14:23 发布

JamH

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文章标签： python 生物学扫描测试工具

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43566022/article/details/104476278

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一、原理与思路

图像由无数的像数构成，python读取图片每一像数点的灰度值，从黑-白的灰度值为0~255，即越黑的地方灰度值越小，越白的地方灰度值越大。显然，我们希望越黑的地方灰度值越大，因此需要做一个反转，即用255减去各个像数点灰度值。接着，将所有非条带部分的像数点灰度值改为0，而蛋白条带部分灰度值保持不变。最后，只要识别出每个蛋白条带的区域，将其中所有像数点灰度值和。

二、python代码

# 导入模块

from numpy import *

from PIL import Image

# 构建一个函数读取灰度值图像

def pictureRead(path):  # path为图片文件路径

    im = array(Image.open(path).convert('L'))

    im = 255 - im  # 黑白灰度值转换

    # 白色部分灰度值转换为0，黑色部分保持原值

    row, col = im.shape

    for i in range(row):

        for j in range(col):

            if im[i,j] < 128:

                im[i,j] = 0

    return im

# 构建一个函数识别蛋白条带区域

def discern(array):

    list = []

    array = 1 * (array > 128) # 转换为二值图像,白色为0，黑色为1

    # 对每一列像素值求和，若与前一列结果不一致则判断为条带边缘

    row, col = array.shape

    for i in range(col):

        if (sum(array[:,i]) == 0) != (sum(array[:,i-1])==0):

            list.append(i)

    return list

# 构建一个函数求和各条带灰度值

def greySum(array, list):

    sumlist = []

    for i in range(len(list)):

        if i % 2 ==0:

            sum = array[:,list[i]:list[i+1]].sum()

            sumlist.append(sum)

    return sumlist

#  运行

if __name__ == '__main__':

    path = r'C:\test.png'

    im = pictureRead(path)

    list = discern(im)

    area = greySum(im,list)

    print(area)