收集vcftools所有用法

最新推荐文章于 2025-02-24 21:20:08 发布

weixin_30542079

最新推荐文章于 2025-02-24 21:20:08 发布

阅读量3k

点赞数 2

文章标签： python

原文链接：http://www.cnblogs.com/triple-y/p/10331449.html

版权

VCFtools是一款用于处理VCF和BCF文件的工具，支持过滤、格式转换和多种统计计算。它可以计算等位基因频率、测序深度、连锁不平衡、Fst值，还能将VCF文件转换为PLINK格式。通过各种参数，用户能进行位置、位点、变异类型、INFO字段、样本和基因型过滤，以及多样性和FST计算。VCFtools适用于生物信息学中的基因组数据分析。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

VCFtools用来处理VCF文档。

筛选特定突变
比较文件
总结突变
转化文件格式
验证并合并文件
取突变交集和差集

Get basic file statistics

input可以为VCF或BCF格式（--vcf --gvcf or --bcf）。

vcftools --vcf test.vcf
less test.vcf | vcftools --vcf -

Applying a filter

可以把筛选的突变写入一个新文件。--recode 表示输出筛选的内容，--recode-INFO-all 保留所有的INFO fields的内容。default情况下，INFO fields不写，因为筛选会改变文件里的突变情况。染色体名字要注意，比如是chr1还是1，要写全。--out输出到特定的位置和特定的文件名

vcftools --vcf test.vcf --chr chr1 --from-bp 1000000 --to-bp 2000000 --recode --recode-INFO-all --out result

Writing out to screen

用--stdout or -c 可以重定位所有输出到标准输出，可以通过管道输出给别的软件或者直接输入到某个输出文件。

vcftools --vcf test.vcf --chr chr1 --from-bp 1000000 --to-bp 2000000 --recode --stdout | less
vcftools --vcf test.vcf --chr chr1 --from-bp 1000000 --to-bp 2000000 --recode -c > ../subset.vcf
vcftools --vcf test.vcf --chr chr1 --from-bp 1000000 --to-bp 2000000 --recode -c |gzip -c > ../subset.vcf.gz

comparing two files

比较2个VCF文件，看哪些个体或者位点是2个文件共享的。指定第二个文件要用--diff --gzdiff or --diff-bcf。

vcftools --vcf test1.vcf --diff test2.vcf --out compare

Getting allele frequency

使用--freq计算等位基因频率

vcftools --vcf test.vcf --freq --out output

CHROM POS N_ALLELES N_CHR {ALLELE:FREQ} 
chr1 861315 2 604 G:0.996689 A:0.00331126 
chr1 865655 2 604 T:0.998344 A:0.00165563 
chr1 865664 2 604 C:0.998344 T:0.00165563

Getting sequencing depth information

使用--depth计算测序深度。

vcftools --vcf test.vcf --depth -c > depth_summary.txt

Getting linkage disequilibrium statistics

计算连锁不平衡，500kb为一个窗口。可以用--hap-r2 --geno-r2 or --geno-chisq。因为是两两比较，比较耗费时间，建议用--ld-windows --ld-windows-bp or --min-r2 去减少比较的次数。

vcftools --vcf test.vcf --hap-r2 --ld-window-bp 500000 --out ld_windows_500000

Getting Fst population statistics

必须提供text文件，每行一个个体（同一个population）。使用--weir-fst-pop进行Fst计算。

vcftools --vcf test.vcf --weir-fst-pop population1.txt --weir-fst-pop population2.txt --out pop1VSpop2

Converting VCF files to PLINK format

使用--plink进行文件转换

vcftools --vcf test.vcf --plink --chr 1 --out output_in_plink

vcftools使用说明

vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，其中很多过滤及计算功能我们可以自己使用perl或者python编写脚本实现，但都不如这个工具的运算速度快。目前官网的版本是vcftools v0.1.13。

中文版本：https://www.jianshu.com/p/badd24cbc538

基本参数

输入参数

–vcf <input_filename> 支持v4.0、v4.1或者v4.2版本的VCF文件
–gzvcf <input_filename> 通过gzipped压缩过的VCF文件
–bcf <input_filename>

输出参数

–out <out

最低0.47元/天解锁文章