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RSS订阅美妙的夜晚(Smith Waterman)
习惯了凌晨来敲那些复杂的代码因为安静因为此时的心里才被代码完全的占据，没有一丝的杂念搞了两天多的递归，终于出结果了，终于没把自己仍死循环里，否则还不知道谁来break out me呢！----------------------------------------------------以下问题描述及解决方案-----------------------------------...
2010-06-28 00:23:01
272
1
生活的选择
----------------------------------------------------生活篇之食堂----------------------------------------------------------- 从FNST辞职以后，这辈子过的似乎从没这么认真过吧，想把最后在大学的生活认认真真的用心读一次！ 食堂，北苑...
2010-06-02 22:47:02
239
ZT 2010天涯最新搞笑，笑了一晚上了，不行了，太精辟了
1.脏话对俺们这种俗人就是个语气助词而已，其实并不是故意就想说它，譬如要是搁古时候。《史记》里头那句“呜呼哀哉，逢时不祥！”，要是让俺说那就是“妈了个逼，逢时不祥！”，表达的意思都是一样一样一样的。 2.这么不要脸，这么没心没肺，你的体重应该会很轻吧？ 3.别老问别人为什么不愿意理你，不愿意跟你说话，因为太稀罕你而不愿意搭理你现实吗？你信吗？ 4.我没认识你之前，我真没发现原来我...
2010-04-25 22:28:48
407
每日预定
----------------2010.3.29---------------安排如下：1、2、3、----------------2010.3.30---------------安排如下：1、http://www.eclipse.org/tptp/home/documents/tutorials/viewlets/v4.1/EW-URLTest/EW-URLTest...
2010-03-29 15:41:42
258
插件开发——记录
创建dynamic web project的第一个wizard pageorg.eclipse.jst.servlet.ui.project.facet.WebProjectFirstPage创建dynamic web project的wizardorg.eclipse.jst.servlet.ui.project.facet.WebProjectWizard指定src webContent的wi...
2010-03-17 13:26:35
186
工作感悟_选择【转帖】
据说，这个帖子来自HP前总裁，不管是谁写的，其中有一段觉得很不错。--------------------------------------------------------------------------------------------------选择 我们每天做的最多的事情，其实是选择，因此在谈职业生涯的时候不得不提到这个话题。 我始终认为，在很大的范围内，我们究竟会成为一个什...
2010-03-11 12:45:33
140
代码优化建议(1)
1、类有带参数的构造函数也请记得写上无参构造函数。 如果没有无参构造函数， 在测试时，如果有参构造函数的那个参数是非常复杂的类，而测试的方法又无需用到构造函数中的参数， 这样就会给测试带了非常大的麻烦，花了大力气初始化参数，而对最终需要测试的方法却没一点用。吃力不讨好。2、类中的方法一定写明public protect private 否则又会给测试带来极大的麻烦，默...
2010-03-05 15:17:51
164
原创 模式（顾客面包篇）----突然有感
一直在讲模块化、框架设计、XX层结构......听的很多，用的很多，但受益却非常少。（或许有受益，但没体会过非常失败的例子，或许没考虑那种极端的情况，所以相对自身收益是很少的，理解的不够透彻，只知道这么这么好，却不知道为什么这样好） 这几天一直在实现自己的某些想法，今天终于搞定一小块了，这我的小成果。 想说的问题就是：后台跟前台明确分工，或者XX层结构，每...
2010-02-02 16:46:40
201
文件中转站
------------------纯属私人文件中转用--------------------- http://bbs.yorkbbsdel.ca/showtopic-1827936-5.aspx http://bbs.yorkbbs.ca/showtopic-1827936-5.aspxhttp://67.220.92.23/bbs/thread-2825874-1-1.html...
2010-01-27 18:52:37
709
原创 找出两个字符串中，连续相同的字符个数最少为min的字符串
找出两个字符串中，连续相同的字符个数最少为min的字符串（具体涉及一些不能公布的，还是不说了，有更好的算法，请拍砖讨论）主要是这个函数--Compare2Str(String str1, String str2, int min)，其他不用管-----------------------------似乎还有点问题！等待明天继续调试package com.ssj.test;...
2010-01-24 22:22:57
280
原创 工具介绍
Beyond Compare ---- 不错的专业级的文件夹和文件比对！LineCount ---- 代码统计工具CAP --- 工程的类关系管理 ------------------------------华丽的标记线------------------------------------------------欧拉路径和欧拉回路的算法http://hi.baidu.com...
2010-01-11 16:50:17
164
原创 2010，本命年，给自己一份规划
RT：后记ing......... import org.eclipse.wst.commonimport org.eclipse.wst.common.componentcore.ComponentCore;import org.eclipse.wst.common.project.facet.core.ProjectFacetsManager; org.eclipse....
2010-01-06 09:47:23
118
原创 什么是建筑师？
夏天很热的一个日子里，一个外乡人沿着一条路在行走。他走着走着，来到一个人跟前，此人正在路边敲碎石头。 “你在做什么？”他问那个人。 那个人抬头看着他；“我在敲碎石头。你以为我看起来像在干什么？现在不要妨碍我，让我继续干活。” 这个外乡人继续沿着路走，不久他遇到了第二个在大太阳下敲碎石头的人。这个人正努力工作，汗滴如雨。 “你在做什么？”外乡人问道。 这个人抬头看他，露出微笑。 “我在为谋生而工作，...
2009-12-31 14:09:08
291
原创 序列比对现状
序列比对现状（序列比对问题研究）序列比对根据同时进行比对的序列数目分为双序列比对和多序列比对序列比对从比对范围考虑也可分为全局比对和局部比对，全局比对考虑序列的全局相似性，局部比对考虑序列片段之间的相似性[11,13]。局部比对的生物学基础是:蛋白质功能位点是由较短的序列片段组成，尽管在序列的其它部位可能有插入、删除或突变，但是这些序列片段具有相当大的保守性。此时，局部比对往往比全局比对具有更高的...
2009-12-16 13:52:57
451
原创 关于bioJava（1）
附件中为bioJava的API！小片段拼接软件套件PhredPhrap介绍：http://www.scgrid.cn/scgrid/biogrid/html/phredphrap.htmlPloyphred SNPdetector cross_match
2009-12-13 23:08:25
308
原创 ibatis Hibernate
使用ibatis 提供的ORM机制，对业务逻辑实现人员而言，面对的是纯粹的Java对象， 这一层与通过Hibernate 实现ORM 而言基本一致，而对于具体的数据操作，Hibernate 会自动生成SQL 语句，而ibatis 则要求开发者编写具体的SQL 语句。相对Hibernate等 “全自动”ORM机制而言，ibatis 以SQL开发的工作量和数据库移植性上的让步，为系统 设计提供了更大的...
2009-12-07 16:51:32
177
原创 有想法为什么不马上实施呢？
不断的有些想法出现，可是总不断的拖拉，最后让那些想法成泡沫般幻化~~~ 有想法就实施！！！OK???Sam，别找太多的借口~~~ 冬天，站在玄武湖畔，看着冰冷的湖水，敢跳下去吗?怕吗？ -------------怕就勇敢的跳下去吧！等哪天不怕了，就不用跳了！...
2009-12-02 15:56:19
137
原创 java调用exe 及 在字符串中去除字符
java调用exe ：public class TransferExe { public void openWinExe() { Runtime rn = Runtime.getRuntime(); Process p = null; try{ String command = "notepad";//String command1 = "java -...
2009-11-30 15:13:24
173
原创 基础概念篇
1、CDS 指编码区序列（coding sequence）。在核酸序列中能够翻译成蛋白质氨基酸序列的部分。（该段核酸序列要有起始与终止密码子） SNP的概念和特点 单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性...
2009-11-30 14:41:26
278
原创 我们这矛盾的蚁族？蜗居？
有必要写篇日志了，想法，思虑太多了，还是写出来比较好！（待写ing.....） 想写了，但发现思路好像断断续续，有太多太多的矛盾，太多太多的杂事得整合~~~先叹个气，哎！！！！！！ 写之前摘点G.shine blog上提到的名句吧！“原本平凡无奇的拥有，到现在竟像是无助的奢求。”－－《练习》 看到这个该说珍惜呢？还是说安于现状享受当下呢？反正我不是享乐主义，但我现在却是月...
2009-11-28 22:32:21
202
原创 EST的由来
EST(Expressed Sequence Tag)表达序列标签：是指从不同组织来源的cDNA序列EST技术直接起源于人类基因组计划。由于人类基因数量巨大，以及真核基因特有的复杂性（如内含子、外显子的区别、重复序列等），使得一次性不加选择地对基因组全长进行测序成为几乎不可能完成的工作。Venter等人在1991年提出了表达序列标签（EST）技术。EST的原理：EST是从一个随机选择的cDNA 克...
2009-11-27 14:31:51
2401
原创 GenBank filetype to Fasta filetype
Bioinfo~~~GenBank filetype to Fasta filetype.gb -> .fasta public class G2F { private String LOCUS = "LOCUS ", LOCUS_S = "begin", //"SOURCE(name)"+"." +"LOCUS" ORGANISM = "
2009-11-24 14:09:31
207
原创 单例模式[转]
TO: My Sun（为什么会在类的定义中调用自己）1. 单例的目的是什么？ 这个应该很明显，保证一个类只有单一的实例，也就是说你无法通过New或CreateInstance来创建这个类的一个新实例。2. 单例的好处在哪里？ 当一个对象在程序内部只能有一个实例的时候，它可以保证我们不会重复创建，而是始终指向同一个对象。3. 怎么用？ 单例模式的实现代码如下： ...
2009-11-23 16:31:32
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原创 Read and Write Files
public class ReadWriteFileTest { public void opeateFilesSample() { //read from keyboard BufferedReader stdin = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in)); System.out.println("...
2009-11-23 16:20:34
209
原创 《蜗居》有感
和许多人一样，熬夜把《蜗居》看完了，在长期被美剧占领的业余时间里，我是第一次以这样的方式向国产电视剧致敬。 看完后，在片尾的音乐里，发现居然“老泪纵横”。这恐怕要被哥几个狂笑我一番了吧。几乎是在每一集的时候都有冲动写点东西，不过把时间全部贡献给了屏幕，看完后却发现几乎无法书写这个剧评了。所有的语言所有的情绪都被写完了，被各种身份的剧中人说完了。而我剩下的就是一种怅然所失。 看了一些剧评...
2009-11-17 16:32:39
236
原创 解决--连接到端口1527上的服务器localhost 时出错
最近在需要研究javapetstore，一直想把它配置到Eclipse+tomcat下，弄好后再发这方面的吧！先解决网上搜到一个问题，是把它配置在ant+glassfish的问题 网上原文如下： PetStore (https://blueprints.dev.java.net )一直是 Java 开发人员学习 Java EE 的必备资料。通过分析其代码，不但可以学到最新的...
2009-11-03 11:29:05
3871
原创 把老板当客户，读《干得累死,并不见得老板就待见你》的读后感
看了《 干得累死,并不见得老板就待见你? 》一文，还真有些感触啊！ 我们和老板的关系，是雇佣关系，老板出钱，我们出力。许多人总是认为我们出的力太多了，而老板给的钱太少了，其实如果我们换一个角度来看就可以稍微舒服一点了。 老板是我们的客户，我们提供服务，他支付报酬。如果我们服务的不好，客户可以选择别的供应商(我们被解雇了)，如果我们服务的好，客户可以给我们跟多的单子(合同续签...
2009-11-02 10:34:39
141
原创 MIT人工智能实验室：如何做研究？
情感因素研究是艰苦的工作，很容易对之失去兴趣。一个令人尴尬的事实是在本实验室读博的学生只有很少比例最后获得学位。有些人离开是因为可以在产业界赚到更多的钱，或者由于个人的原因；最主要的原因则是由于论文。本节的目标是解释这种情况发生的原因，并给出一些有益的建议。所有的研究都包含风险。如果你的项目不可能失败，那是开发，不是研究。面对项目失败时是多么艰难啊，很容易将你负责的项目失败解释为你...
2009-11-02 09:26:57
274
每天起床，我都相信今天是美好的一天~~~
这些天的生活，每天都是对我的考验，有时犹豫了、有时受到伤害了，更多的时候是孤单的一个人抗着，虽然身心俱疲，但却一直坚持着。因为每天早上起床后看到阳光的那刹那，我相信这会是一个美好的一天。对于生活，只要你去相信她，那么她就会变得越来越美好！ 每天白天上班，晚上回学校看论文，上班或许是身体上的疲乏，但因为毕业的课题还没定下来，所以这心理压力让我更累吧！我相信在度过这段 ...
2009-10-29 22:20:03
172
原创 我是一只IT小小鸟(转)
我是一只IT小小鸟曾经多少次跌倒在路上曾经多少次折断过翅膀如今我已不再感到彷徨我想超越这平凡的生活--汪峰《怒放的生命》引子：失望中有希望么我是为数不多的本科毕业工作三年后再读研究生的人。上本科以来的十年，却大部分是在茫然中度过的。我迷迷糊糊，跌跌撞撞。痛苦中有奋斗，挣扎中有快乐。高中的理想如此简单：上清华，考北大我的高中绝对是在盲目自负中浓墨重彩地走过的，因为...
2009-10-28 10:38:06
527
原创 smart question and smart answer
我们每天都会问别人问题, 也会回答别人的问题, 既有生活方面的, 也有工作方面的.但是, 我们有没有研究过, 一个完整的问题的问答, 需要花费多少时间? 事实证明, SMART的提问和回答, 会给我们带来精神的愉悦进而延年益寿.■糟糕的问答 昨天我和我女友通过SKYPE聊天时, 有以下的问答: 问: "今天吃的什么?" 答: "晚上还是中午还是早上?" 问...
2009-10-26 14:48:31
356
原创 website
http://ajava.org/佛法：http://www.tianya.cn/publicforum/content/free/1/1457470.shtml李开复：算法的力量:http://www.kuqin.com/itman/kaifulee/20070814/274.htmlhttp://topic.csdn.net/u/20080405/18/e18618b4-1ee4-4bc2-b...
2009-10-23 15:52:46
299
原创 近一个月的总结
早就想写些总结了，对于这个月，依然过的很认真，很用心，但开始有种不好的感觉，像前一篇日志中提到的，生活不怕苦，怕麻木。但还是少想吧，到觉得该补充营养时再思吧！现阶段还是思而不学则怠吧！对于这份工作，很感恩，这是在人生低潮中的第二个惊喜吧，所以无论如何都会做好做出色合同里的半年，在此感谢面试我的两位前辈了，王殿，吴殿。 还是表达清晰点的思路吧，这应该是从小日本那学来的，做事的"5W...
2009-10-14 21:50:25
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原创 动态控制循环层数
动态控制循环层数如：函数 cycle(int t)public void cycle(int t){ for(int i=1;i<4;i++) { for(int j=i+1;j<4;j++) { for(int k=j+1;k<4;k++) { ....含t层for循环 } } }}public class CycleTest { pu...
2009-10-10 19:13:02
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1
原创 lotto
public class Lotto { /** * @param args */ public static void main(String[] args) { getOne(15); } public static void getOne(int t) { ...
2009-10-09 15:27:18
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原创 判断二进制数中1的个数
public class TestYihuo { /** * 判断二进制数中1的个数 * @param args */ public static void main(String[] args) { /*int a = 0xaf; int b = 0xb1; System.out.pri...
2009-10-09 09:24:24
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