ruby912的博客

宏基因组分箱后续1.分箱流程2.代谢潜能分析2.1代谢通路构建2.2基因簇分析3.进化树构建3.1物种选择3.1.1如何从NCBI批量下载genome数据3.2进化树构建3.2.1序列选择用16S rRNA构建：用保守基因串联构建：3.2.2建树3.2.3进化树美化4.基因草图可视化5.进化历程分析在获得了binning结果之后，下一步应该进行什么分析呢？本文将针对binning之后的分析思路进...

metaWRAP画图报错修正关于metaWRAP宏基因组分箱流程，可以通过比较多个分箱软件的结果来取最优，最近也有更新，conda可安装，自带kraken物种注释，可以进行重组装，很优秀。安装和使用说明见：github关于bug在进行bin_refinement时，metawrap会绘制bin的完整度(completion)和污染(contamination)的折线图，以此评估各个软件的...

MetaPhlAn_Pipelines_Tutorial是进行宏基因组物种组成分析的流程，详细的流程参考：https://bitbucket.org/nsegata/metaphlan/wiki/MetaPhlAn_Pipelines_Tutorial在运行流程中step4进行lefse分析时，运行plot_res.py脚本会报错，报错内容：Traceback (most recent cal...

宏基因组有参分析和无参分析差异分析流程解决问题结果差异本文参考宏基因组教程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2) 分析流程有参流程：质控–物种组成和功能组成分析–差异分析及可视化无参流程：质控–物种分类–序列拼接–基因注释–去冗余–基因定量–功能注释–差异分析及可视化注：无参分析需要非常大的比对数据库，所以服务器配置最低256G内存，推荐内存512G以上，以保...