perl 生信教程
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ruby912
这个作者很懒，什么都没留下…
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Perl进阶
Perl进阶子程序sub编写命令行参数传递打印使用帮助perl调用系统命令perl中使用第三方包路径处理包Getopt::Long传递参数子程序sub编写子程序声明sub子程序可以传入数组／哈希默认变量@_ 用于传递参数子程序调用&变量的作用域：子程序中定义的变量作用域只能在子程序中调用，子程序可以调用全局变量返回值returnPerl 子程序(函数)#子程序示例...原创 2019-06-06 20:55:34 · 906 阅读 · 0 评论 -
根据id提取fasta序列
Perl脚本练习bioperl读入写出fasta要求根据序列ID，从fasta文件中提取目标序列并输出数据序列IDfasta文件思路以序列ID为键，构建哈希用bioperl读入fasta，获得序列id如果id存在于哈希中，输出序列代码die "perl $0 <id> <fa> <OUT>" unless(@ARGV==3);#$...原创 2019-06-05 14:41:58 · 5393 阅读 · 0 评论 -
Bioperl使用
Bioperl使用测序文件读入写出序列截取反向互补序列蛋白质翻译测序文件读入写出use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;use Data::Dumper;#fasta$in = Bio::SeqIO->new(-file => "D:/test.fa", -format => 'Fasta', -alphabet =>"dna");$out ...原创 2019-06-05 14:05:52 · 2443 阅读 · 0 评论 -
gff数据处理
Perl脚本练习通过数组和哈希引用读取存储复杂数据要求gff文件，记录每个基因的名称、起始终止位置、染色体、转录本信息数据#注释行分割：\t9列：gff格式 思路构建一个哈希，结构my%gene = ( geneID => { 'location' => [chrs, start, end] 'transcripts' => [ { ...原创 2019-06-04 20:21:17 · 4144 阅读 · 1 评论 -
正则表达式
正则表达式通配符表达式描述.匹配除换行符以外的所有字符x?匹配0次／1次x字符串x*x匹配>=0次x+x匹配>=1次*任何字符匹配>=0次.+任何字符匹配>=1次{m}指定字符串匹配=m次{m,n}指定字符串匹配>=m 并<=n次{m,}指定字符串匹配>=m次[...原创 2019-06-04 15:16:24 · 204 阅读 · 0 评论 -
统计不同表达量区间的基因数量
Perl脚本练习要求统计每个样本不同表达量区间的基因数量数据表达矩阵思路初始化一个哈希，用于计数表达矩阵的一列为一个样本，对每列每个基因的表达量进行判断，并计数代码open(IN, "D:/exp.txt") || die "$!";open(OUT, ">D:/out.txt") || die "$!";my %stat =( "0.5-5"=>0,...原创 2019-06-03 21:22:05 · 1389 阅读 · 0 评论 -
提取一个数据的子集
perl脚本练习要求根据提供的ID，提取一个数据的子集输出到一个新的文件数据表达矩阵目标基因ID思路目标基因按行循环读取，获得一个哈希，基因名为键表达矩阵按行读取，提取基因名，判断是否存在哈希的键中，如果存在就输出这一行，没有就跳过代码open(IN, "D:/exp.txt") || die "$!";open(INID, "D:/id.txt") || die "...原创 2019-06-03 20:58:57 · 949 阅读 · 0 评论 -
eclipse生信编程环境搭建
eclipse环境搭建Eclipse IDE for Eclipse Committers用于代码测试编辑优点：开源，集成参考：组学大课题java配置eclipse需要java环境windows的java配置方法java查看java -versionwhere javaeclipse配置perl安装perl插件EPIC：help-eclipse marketplace-...原创 2019-05-31 19:57:13 · 320 阅读 · 0 评论 -
Perl入门
简介时间：Larry Wall 1987Practical Extraction and Reporting Languageperl第三方包网站学习书籍：Perl 语言入门（小骆驼）生信领域需要对perl进行学习原创 2019-05-31 18:54:08 · 3410 阅读 · 1 评论