宏基因组分析流程报错与解决
前言:坑有时候就是这么出其不意,攻其不备?♀️
microbiome_helper流程报错
microbiome_helper宏基因组流程详细的流程参考:
microbiome_helper
宏基因组教程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)
kneaddata质控
kneaddata质控是microbiome_helper宏基因组流程中的一部分
但是用microbime_helper提供的数据进行去宿主基因后,双端序列序列数不同(表格中倒数3、4列),导致后续的megahit拼接无法进行
Sample raw pair1 raw pair2 trimmed pair1 trimmed pair2 trimmed orphan1 trimmed orphan2 decontaminated Homo_sapiens pair1 decontaminated Homo_sapiens pair2 decontaminated Homo_sapiens orphan1 decontaminated Homo_sapiens orphan2 final pair1 final pair2 final orphan1 final orphan2
p136C_R1_kneaddata 75000 75000 65316 65316 5061 1635 1133 1083 122416 12591 1133 1083 122416 12591