16s之稀释曲线绘制

稀释曲线是利用已测得16S rDNA序列中已知的各种OTU的相对比例，来计算抽取n个（n小于测得reads序列总数）reads时出现OTU数量的期望值，然后根据一组n值（一般为一组小于总序列数的等差数列）与其相对应的OTU数量的期望值做出曲线来

通过qiime 的alpha_rarefaction.py （计算稀释丰度）获取各个类型的矩阵表达表

## 1

$ alpha_rarefaction.py -i otu_tax_table.biom -f -p alpha_params.txt -o result -m sample_info.txt

## 2
$ head alpha_params.txt
alpha_diversity:metrics observed_species,shannon,chao1,simpson

## 3
$ head sample_info.txt
#sampleid    group
S1      1
S2      2
S3      3
T1      1
T2      2
T3      3


## 参考format
http://qiime.org/documentation/file_formats.html#id-to-taxonomy-map
http://qiime.org/documentation/qiime_parameters_files.html

## 将上述的得到的结果用做绘制R图的输入文件

setwd("D:/16S/16sRscript")
library("ggplot2")
library("reshape2")
library("tidyr")


inputfile = c("observed_species.txt")
output