- 博客(3)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 R语言 下载KEGG数据库中通路的基因集
成功后安装KEGGREST，版本我先填入3.10，如果发生错误的话会提示一个正确的版本号，重新填入即可。在library这个包的时候，提示缺少Biostrings，所以再安装一个包，如果不缺少可以跳过。2. 安装R包BiocManager、KEGGREST。1.首先去KEGG官网查找自己所需要的通路的编号。这里我需要的是hsa05244通路，记住这个编号。3. 提取通路中的基因，并保存到csv文件中。library KEGGREST这个包。
2025-02-10 11:31:08
395
原创 论文阅读：scBERT as a large-scale pretrained deep language model for cell type annotation of single-cell
受数据样本量小、人工干预多、过度依赖 marker gene（已报道的特异性基因）等因素的影响，单细胞测序细胞类型注释技术一直面临着泛化性、可解释性、稳定性均比较低的问题，现存的算法难以有更广泛的应用。随机选择来自Zheng68K数据集的10%、30%、50%、70%和90%的PBMC细胞作为用于微调的参考，而剩余的作为用于测试的查询样本。预测结果，真实分类对比，用人肝组织评估未知细胞类型鉴定，MacParland数据集，4种类型，每次从中取出一种类型进行，用于验证，其他用于训练。
2023-08-01 15:51:36
628
1
原创 R语言网络社团划分可视化及可信度
生成1000个和最大社团相同节点数和密度的随机网络，计算这1000个随机网络的聚类系数的概率密度分布，拟合整正态分布，并计算其95%的置信区间，检验我们划分的社团的聚类系数落在哪个区间，来确认是否划分结果是否可靠。我在这里使用的邻接表，以csv格式存储，读取数据将格式转为图，这里g就是转换过来的图。到此，就完成了社团划分，和最大社团的可视化，现在对最大社团进行可信度分析。这里使用R语言中的igraph进行社团划分和可视化。首先要找到最大的社团，我这又引用了sqldf包。
2023-03-06 10:22:13
1077
1
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人