AMDock分子对接

分子对接

AMDock集成了Autodock Vina 和 Autodock4、ADT scripts、AutoLigand、Open Babel、PDB2PQR 和 PyMOL 的功能。对于活性位点中含有锌离子的蛋白质，AMDock可以选择使用专门定制的 Autodock4Zn参数。

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1. 对接流程图

2. 首先需要准备分子对接的受体结构。使用 UniPort 数据库可以查询蛋白质的相关信息。在检索框检索蛋白质，在 Structure 查看蛋白质结构信息。

结构信息包含 X-ray、HMR 解析的结构，点击用RSCB-PDB 可以在PDB数据库下载蛋白质结构。