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原创 生信宝典:生物信息学习系列教程、视频、资源
欢迎关注天下博客:http://blog.genesino.com/2100/01/shengxinbaodian/生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需...
2018-01-31 10:02:40
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转载 2024年度中医药十大学术进展发布 | STCM 主编、编委、青年编委获批 4 项
团队对千金藤、北豆根等中药材中的苄基异喹啉类生物碱开展了系统研究,基于本草基因组学研究体系对其抗病毒活性成分进行筛选,解析了其生物合成途径,结合体内外实验阐释了其重塑细胞抗病毒免疫代谢、增强人体抗病毒免疫应答的科学原理,发现了广谱有效、活性明确、安全性高的抗病毒候选药物汉防己甲素、千金藤素等。的新发现、新规律、新观点、新方法、新技术、新产品等,体现本年度研究成果在完善中医药传承创新发展机制,推动中医药事业和产业高质量发展的价值。通过基础研究和网络整合分析,阐释了防上游因素、治当前病变、控下游传变的。
2025-04-28 21:00:52
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转载 重磅!国家科学技术奖励:鼓励主要论著优先在国内学术刊物上发表
六是规定国家自然科学奖、国家技术发明奖、国家科学技术进步奖候选者及其候选项目在受理和初评后进行公示,异议受理期相应调整为公示期间。《实施细则》在推动落实《国家科学技术奖励条例》(以下简称《条例》),规范国家科技奖励工作方面发挥了重要作用。一是建立健全国家科学技术奖励工作保密管理制度。一是强调国家科学技术奖坚持国家战略导向,坚持“四个面向”,与国家重大战略需要和中长期科技发展规划紧密结合。强调国家科学技术奖励工作坚持党中央集中统一领导,遵循党和国家功勋荣誉表彰奖励工作的基本原则,接受纪检监察监督和社会监督。
2025-04-26 21:02:48
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转载 Cell | 3 月份文章发表目录 (2025.3.6~2025.3.20)
感染蝙蝠的merbecovirus HKU5-CoV谱系2可使用人ACE2作为细胞进入受体。不同的错配修复复合体基因设定神经元CAG重复扩展速率,驱动HD小鼠的选择性发病机制。针对具有溢出风险的ACE2使用型MERS相关冠状病毒的全球监测与对策。ACE2使用型冠状病毒刺突蛋白的早期融合中间体作为抗病毒靶点。COOL1基因的自然变异增强玉米的高纬度低温耐受性。MERS相关冠状病毒中ACE2使用的多重独立获得。有感兴趣的文章,可在易生信微信群中,发起文章互助。
2025-04-24 21:03:18
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原创 Nature method: 生物研究中的语言模型入门指南
在迁移学习方法(左)中,预训练模型可选择性调整(如扩展模型结构),并通过进一步训练(微调)解决其初始未涵盖的特定任务。例如,部分模型可能针对特定蛋白质家族的数据进行训练,或采用类似自然语言模型的顺序预测方式预测氨基酸,而非随机遮蔽。在与语言模型的示例对话中,用户向模型提问(绿色文本框),模型则以回答(蓝色文本框或白色代码片段)响应。此外,自然语言模型可通过整合图像或基因序列等多模态数据进行增强,形成多模态模型,从而深入解析不同形式的生物实体。除输出结果外,蛋白质语言模型还可生成蛋白质的嵌入表示。
2025-04-23 21:03:14
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转载 第十二届“数学、计算机与生命科学交叉研究”青年学者论坛--会议通知
论坛由中国科学院数学与系统科学研究院/国家数学与交叉科学中心、中国科学院遗传与发育生物学研究所、中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会、中国生物信息学会(筹)主办,中国运筹学学会计算系统生物学分会、中国生物信息学会(筹)人工智能与生命科学分会、中国科学院青年创新促进会和北京生物信息学研究会协办。今年五月,我们将举办第12届“数学、计算机与生命科学交叉研究”青年学者论坛,特别邀请生物信息学领域的知名专家与优秀中青年学者参加会议,共同聚焦生物信息学前沿,展望学科发展的未来。,鼓励大家注册参会。
2025-04-22 21:01:14
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转载 基本概念 | 深度量化基因组、变异与突变速率
根头发的直径约0.05毫米,把它纵向平均剖成5万根,每根的厚度约1纳米;因此,人类基因组的运行知识,包括对健康个体中基因组变异规模的认识,对基因组医学的实践至关重要。R/Rtools/RStudio和基因组流行病学R包(phybreak/BORIS)的安装。Aneuploidy (e.g. trisomy 21) - 非整倍性 (如21三体。估计,人类基因组中,每世代每碱基的新突变 (New mutation)速率约为。他们的任务是鉴定致病性基因组变异,并解释其对患者及其家人的影响。
2025-04-22 21:01:14
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转载 Cell | 4 月份文章发表目录 (2025.4.3~2025.4.15)
赖氨酸vitcylation是维生素C衍生的蛋白质修饰,可增强STAT1介导的免疫反应》《婴儿肠道共生菌短双歧杆菌的基因组资源揭示定植与宿主-微生物互作的遗传决定因素》《全脑免疫受体图谱揭示IL-17E及其受体IL-17RB的神经调节作用》《国际空间站的微生物与化学环境受使用模式驱动,具有独特性与极端性》《视觉皮层中的运动与前庭信号实现自我运动与外部视觉运动的区分》《HIF调控多种翻译的内源性逆转录病毒:对癌症免疫治疗的启示》《作物根系细菌与病毒基因组揭示未被探索的物种与微生物组模式》
2025-04-21 21:01:27
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转载 Nat. Genet. | 华南农大发表国际大科学计划FarmGTEx项目白皮书
同时,还能帮助研究人员理解农业动物基因调控与环境条件变化之间的关系,以研究动物在高温环境中的基因调控模式为例,可识别出适应高温的基因变异,辅助培育适应特定环境的品种品系。通过公共RNA测序和全基因组测序数据,目前已构建了牛、猪和鸡的多组织分子QTL(主要为eQTL和sQTL)图谱,并正在其他畜禽物种(如绵羊、山羊、马、骆驼、兔子、鸭子)中进行相关研究。整合全球农业动物的基因组-转录组数据资源,建立农业动物的多组织遗传调控效应图谱,探究农业动物基因表达的遗传决定问题。
2025-04-20 21:01:57
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转载 Science软文 | 我的危机博士生涯
但每当濒临绝望,我便想起博士生涯第一场危机 (疫情)教会我的:建立共同体,持续传播科学价值。如今,我即将在另一个危机时刻毕业,希望能从第一次危机中学到的经验中汲取力量。焦虑与孤独萦绕着我,但我选择沉浸于严谨而迷人的神经科学中寻求慰藉。我开始构想着一种兼顾创新研究与科普事业的职业生涯:获得博士学位后,我将竭尽所能,避免新冠疫情期间的混乱重演。任何能让我与非科学家对话的事,我都愿意尝试。在新公寓里,远离亲友的陪伴,唯有车流声和灌木丛中的鸟鸣与我作伴。而如今,我将成为其中一员,进入我的首选项目深造。
2025-04-19 21:02:40
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转载 系统生物学系列讲座:薛宇 - AI赋能蛋白质化学修饰的计算解析DeepSeek 思维链推理
高颜值免费 SCI 在线绘图。最全植物基因组数据库IMP。点击图片直达文字对应教程。
2025-04-18 21:02:01
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转载 Hortic Res│中国中医科学院黄璐琦/袁媛综述道地药材“形质合一”科学内涵研究前瞻方向:细胞生物力学调控植物形态发生和代谢
尽管上述研究揭示了人参属植物细胞壁与人参皂苷生物合成调控的微妙平衡,但尚无研究直接量化植物在细胞壁重塑过程中细胞力学特性的变化,也尚未阐明调节人参属植物根系力学特征(如细胞壁力学相关的质地、纹理等)是否会影响人参皂苷的合成、积累或空间分布特异性。)的感知和响应能力,包括细胞受到的外部力(如细胞分裂引起的细胞间压力以及细胞膨胀或伸长过程遇到的机械阻力)和内部力(如细胞生长或渗透作用引起的细胞膨胀压变化),以及由细胞力学性质变化引发的细胞力学结构的重构。近期一系列研究进展揭示了植物细胞独特的力学特性形成机制。
2025-04-18 21:02:01
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转载 iMeta | 德国Engler组-tidyplots为科学家提供简化代码的数据可视化工具
在定义这些函数时,这会导致相当大的代码重复,这不仅增加了源代码的数量,更重要的是,损害了代码的可维护性。例如,tidyplots的函数工厂ff_bar()接受一个统计汇总函数(如mean、median或sum)作为输入,并输出制造的函数add_mean_bar()、add_median_bar()和add_sum_bar()。然而,ggplot2和tidyplots之间的一个主要区别是,ggplot2函数以使用+运算符添加的名词为特征,而tidyplots函数以使用管道运算符在管道中组合的动词为特征。
2025-04-17 21:02:07
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转载 Nature | 最新发文速递 (2025.3.6-2025.3.27)
我们分析了来自欧洲、东亚、非裔美国人和拉丁裔祖先的参与者的数据(n=158,036例双相情感障碍患者,280万对照组),结合临床、社区和自我报告的样本。一些分析表明,双相情感障碍的病理生理学中涉及特定的细胞类型,包括GABA能中间神经元和中棘神经元。,比之前的发现增加了四倍,并在东亚队列中确定了一种血统特异性关联。美国公司开始掀起“去DEI”的反觉醒浪潮,如丰田美国、沃尔玛、福特、Meta、麦当劳、莫尔森库尔斯酿酒、迪尔、Lowe's、大型研究组的学员,在学术界的表现往往比小型组的学员好。
2025-04-16 21:03:31
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转载 帮师弟招聘 - 药明康德小核酸药物数据分析员
分子生物学、生物信息学、遗传学、细胞生物学等相关专业硕士及以上学历,或者在二代测序数据分析方向有分析经验的优秀本科生,需要熟悉非编码RNA的产生和功能、了解ASO、siRNA以及microRNA的作用机制 对于核酸化学部分知识有所了解。作为药明康德体外生物学部ID & Oligo团队的核心成员,他/她需要具备小核酸背景知识,理解并熟悉小核酸药物的作用机制和过程,同时需要熟悉生物信息学知识和湿实验知识来支持解读相关结果,为小核酸业务发展提供支持。高颜值免费 SCI 在线绘图。点击图片直达文字对应教程。
2025-04-15 21:01:27
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转载 Cell Genomics: 西南大学王翊课题组发布新一代基因组浏览器用以整合单细胞和空间多模态数据可视化
SGS 支持snRNA、Visium、slide-seq、setro-seq、scATAC、scMethylC、sc-eQTL、scHiC等多模态数据可视化。SGS还提供3D转录组数据可视化功能,支持表面模型交互式可视化,用户可以实时交互探索3D数据,调整网格模型的透明度、点的大小和透明度,查看基因表达的异质性。支持 GFF、VCF、BED、BW、GWAS、MethylC、HiC、Longrange、Biginteract 等多种格式的基因组数据可视化。
2025-04-15 21:01:27
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转载 Nature | 最新发文速递 (2025.4.3和 2025.4.10)
Nature》隶属于英国自然出版集团,涵盖自然科学全领域,并设有专门的生命科学板块;《Nature》隶属于英国自然出版集团,涵盖自然科学全领域,并设有专门的生命科学板块;热带作物育种国家重点实验室深圳分院,岭南现代农业广东实验室,农业农村部基因组分析实验室,中国农业科学院深圳农业基因组研究所,等。Circos图显示了TPA Nichols参考基因组的基因组特征,以及包含此处提出的五个古代基因组特有元数据的其它轨道 (T。ead)支持,并在排除推定的重组位置后,删除了数据集中缺失数据超过25%的位置。
2025-04-13 21:02:11
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转载 Science | 最新一期文章目录 (2025年3~4月)
禁止续聘资深科学家的政策震动美国国立卫生研究院(NIH)通过FABP5-mTORC1信号直接感知膳食α-6亚油酸。G四链体停滞的真核复制体结构揭示DNA螺旋式寸进转移。2016年全球停用Sabin口服2型脊髓灰质炎疫苗。有感兴趣的文章,可在易生信微信群中,发起文章互助。无芯轴制造大弹簧指数与冲程人工肌肉的多领域应用。单分子水平解析翻译机器组成与调控的亚细胞图谱。阳光驱动淡水与海水中一氧化二氮的非生物形成。地球古植物群在15个化石遗址中的生动重现。通过C=C双键解构催化复杂烯烃转化为氧腈。
2025-04-12 21:02:47
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转载 中国中医科学院杨洪军团队招聘专项博士后
申请人需具有中药学、中西医结合、分子生物学、生物信息学、化学、材料学、医学等相关博士学位,具备质谱分析、多组学研究、生物信息学、人工智能研究经历者优先考虑。学术基础扎实,创新能力强,具有一定的研究积累,参与科研项目并发表过高水平科研论文,具备良好的英语听说读写能力,有较大发展潜力的优秀博士,以第一作者发表。申请人需具有分析化学、中药学、分子生物学、生物信息学等相关博士学位,具备质谱分析、多组学研究、生物信息学、统计学、人工智能研究经历者优先考虑。)多类器官芯片在线传感技术、自动化装置、仿生材料的开发;
2025-04-12 21:02:47
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转载 iMetaOmics | 2024年亮点论文合集
本研究收集了全球脊椎动物的16S rRNA和宏基因组测序样本,系统评估了全球脊椎动物的肠道微生物多样性及其影响因素,全面揭示了陆地脊椎动物肠道微生物与其同域土壤生物环境样本之间常见的抗生素抗性基因组及其潜在移动性。本研究总结了人类精液的糖蛋白组,目前对男性生殖系统及相关疾病中糖基化的认识,糖蛋白质组学方法的进展,以及最新糖蛋白质组学技术在男性生殖中的潜在应用。本研究针对二倍体棉种的泛基因组构建及综合分析,为理解二倍体棉种扩张过程中的动态基因组变异提供了洞见,并能促进现代棉花育种的有效性。
2025-04-11 21:00:50
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转载 新课第三期 | 单菌基因组组装、注释、遗传表征、分子分型、系统进化和传播溯源
代码,记录了分析的过程和细节,存档在计算机中,便于使用、回顾、审查、优化、发表和共享。世代周期短,进化/演化迅速。对于其它物种,如大型动/植物基因组 (尤其是跨物种),则不适用此课程,原因包括:实施难度 (动/植物基因组的组装难度更大),分析模块 (动/植物无需做传播与溯源分析)及中间数据 (本课程主要利用核心基因组构树,而非同源基因)等。本课程的技术与理论体系,也有助于微生物实验室/课题组:建立系统的基因组分析流程,完善质量管理体系,培养相关生信人才,提示软件、流程及数据库的开发方向和评估方法。
2025-04-08 21:01:51
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转载 NCBI用不了?国家基因库早有准备
CNGBdb(序列归档系统https://db.cngb.org/cnsa/)作为我国自主可控的公共核酸序列数据库,数据所有者可递交数据到CNGBdb进行归档和公开共享(支持原始数据(fastq/bam),组装数据(fasta),变异数据,代谢数据,单细胞数据和时空组数据等多种数据类型的归档),(https://db.cngb.org/scientific_databases,方便相关领域研究者查找和使用相关数据。CNGBdb提供文献数据,样本数据,基因数据,变异数据等多种数据的互联互通和开放使用。
2025-04-08 21:01:51
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转载 iMeta子刊iMetaMed期刊编委/副主编/顾问招募(定位IF>15)
(宏)系列期刊是由宏科学(iMeta Science)、数千名华人科学家和威立合作出版的开放获取(Open Access)期刊,目的是发表原创研究、方法以促进生物医药(含生物技术、微生物组、生物信息学等)前沿交叉学科发展,期刊特色包括双语全文和视频、可重复分析、图片打磨、青年编委、60万用户的社交媒体宣传等。目标是发表前5%的高影响力论文,已被SCIE、PubMed等收录,2023年IF 23.8位列全球SCI期刊前千分之五,微生物学研究类期刊全球第一,中科院分区生物学1区Top,收稿范围对标。
2025-04-06 21:02:35
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转载 iMeta子刊iMetaMed期刊编委/副主编/顾问招募(定位IF>15)
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2025-04-06 21:02:35
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转载 iMeta子刊iMetaMed期刊编委/副主编/顾问招募(定位IF>15)
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2025-04-06 21:02:35
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2025-04-06 21:02:35
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转载 iMeta子刊iMetaMed期刊编委/副主编/顾问招募(定位IF>15)
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2025-04-06 21:02:35
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转载 第四次全国中药资源普查新类群概况
此外,新分类群中还包含多个与知名中药材近缘的物种,如淫羊藿属的天门山淫羊藿和木黄淫羊藿,天麻属的福建天麻等。除了作为新中药资源的潜力外,这些新分类群还可能为中药资源的栽培提供近缘种的基因,增加遗传多样性,有助于改良和复壮栽培品种。对模式产地生境的植被统计分析显示,新类群分布于森林植被的物种数最多,灌丛类植被次之,草地(草甸)类最少,且49.2%的新类群在其生境描述中明确显示了。所以,对这些物种进行整理、汇编,不仅有利于梳理本次普查中新分类群的相关情况,也可以为这些新资源后期的开发利用奠定一定基础。
2025-04-05 21:01:11
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转载 国家级人才名单正式公布!一起来看看上榜的各大高校到底有多少青年科技人才?
从图中的数据我们可以看到,其总榜是按照“博新”、“青托”和“面上”三大青年科技人才的获奖人才叠加来排名的。这其中郑州大学是非985院校当中青年科技人才储备最多的院校,其总计440人获评的成绩,也是仅仅只比西安交通大学少了1位,比中国科学技术大学少了6位,遗憾的位列全国第11位。总的来看,在目前这个人才为王的时代里,各大高校都在通过自己的方式吸引着更多的科创人才的加盟。在现代这样高速发展的社会当中,科技的日新月异,让越来越多的人们意识到“科学技术是第一生产力”这句话的含金量。点击图片直达文字对应教程。
2025-04-04 21:00:46
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转载 PBJ | 中国中医科学院黄璐琦院士团队联合北大张华伟构建丹参高效CRISPR/Cas9基因编辑系统
虽然整体编辑效率较高,但少数靶点的编辑效率仍然较低,如在170个sgRNAs中有65个靶点的纯合/双等位效率低于10%,随后对可能影响丹参CRISPR/Cas9编辑效率的因素,如靶点GC含量,靶点中碱基的错配,同源基因的存在,靶点序列特异性以及二级结构的缺失进行了系统的分析(图6),发现58个靶点(89%)具有以上一个或多个因素。而另外3个菌株的编辑效率均低于25%,纯合/双等位突变效率低于1.5%,初步确定丹参中编辑效率最高的两个菌株C58C1和K599(图4)。主要研究领域为植物基因编辑和生物信息学。
2025-04-03 21:02:07
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转载 包含400亿个参数!迄今最大开源生物学AI模型Evo 2发布,可设计涵盖生命所有领域的遗传密码
近日,美国Arc研究所与NVIDIA公司、斯坦福大学和加州大学伯克利分校等机构合作,发布了迄今为止最大的公开可用生物学AI模型Evo 2,有望彻底改变人们对生命遗传信息的理解和应用。与仅关注原核基因组的Evo相比,Evo 2纳入了来自人类、植物以及真核生物域中其他更复杂的单细胞和多细胞物种信息,实现了前所未有的跨物种泛化,并显著拓宽了其应用范围。该模型能够将微小的序列变化与系统级和有机体级的影响联系起来,弥合分子生物学与进化基因组学之间的差距,是基因组研究领域的一个突破性里程碑。:1.线粒体基因组;
2025-04-02 21:02:32
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转载 iMeta | 肖维华/蒋超/陈实富-评述肠道微生物群与癌症:从分子机制到精准医学应用
这些途径与糖原合酶激酶-3β(GSK-3β)的调节相互关联,并与更广泛的信号网络互作,其中核因子κB(NF-κB)可通过髓样分化因子88(MyD88)依赖途径等多种途径被激活。微生物代谢物(如DCA)水平升高,以及氧化应激标志物8-羟基-2'-脱氧鸟苷(8-OHdG)、丙二醛(MDA)和抗氧化指标(如超氧化物歧化酶和谷胱甘肽)等,正逐渐成为结直肠癌筛查和病情监测的有前景的生物标志物。此外,微生物群调节的胆汁酸结合,尤其是结合胆汁酸,会影响癌症干细胞的行为并重塑免疫微环境,促进癌症进展和免疫逃逸。
2025-04-01 21:01:24
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转载 Proksee - 单菌基因组圈图工具-1
菌株fasta序列 (已测试)!高颜值免费 SCI 在线绘图。最全植物基因组数据库IMP。点击图片直达文字对应教程。查看图片中的指示,操作。
2025-04-01 21:01:24
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转载 中药资源 | 中药研究所孙伟/陈伟强、药用植物研究所姚辉联合团队合作开发一种简便、快速、广适的药用植物毛状根转化技术
该研究成果为药用植物的基因功能研究提供了一个简单、快速且广泛适用的技术平台,尤其适用于那些缺乏成熟遗传转化体系的非模式药用植物。未来,该技术有望在药用植物的代谢途径解析、基因功能验证以及代谢产物优化等方面发挥重要作用,推动药用植物资源的可持续开发和利用。随着该技术的推广应用,药用植物的研究和开发将迎来新的发展机遇,为中医药现代化和国际化提供坚实的科技支撑。该研究成功开发了一种简单、快速且广泛适用的毛根转化技术,为药用植物的基因功能研究提供了强有力的工具,显著加速了药用植物代谢途径的解析和分子育种的进程。
2025-03-30 21:02:27
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转载 2024年度“中国生物信息学十大进展”公布
的全原子蛋白质,比量子力学方法快百万倍以上,为蛋白质折叠过程、构象空间探索、自由能等热力学性质的计算带来更为准确的描述和分析,从而为蛋白质动态机理探索、药物研发和蛋白质设计等领域带来全新的视角。种,明确了人群中高丰度真菌和广泛流行的真菌物种。RNA(lncRNA)在多种生理和疾病过程中发挥调控作用,但传统的序列比对方法只能在不同物种间鉴定出极少的同源lncRNA,极大限制了对lncRNA功能的研究。该研究丰富了对肠道真菌组的分类学、功能和代谢多样性的理解,为真菌生物技术领域的未来研究开辟新的视野。
2025-03-29 21:00:33
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转载 诺奖得主寄语,3 位院士供稿,STCM 中医药科学2023年第1期发表!欢迎点击阅读!
罗斌玉/李逸雯/王文婷/刘艳飞/冼彦芳/刘玥/陈可冀-中医药防治重大疾病的临床证据与机制。李红蓉/侯云龙/陆璇/王璐/李梦南/康宁/吴以岭-中医气络学说揭示衰老的核心病机治法。易艳/李春英/赵雍/梁爱华-以化学特性、药理学机制和代谢特征为视角的雄黄毒性综述。叶子慧/洪亮/童云/李绍平/赵静-五子衍宗丸治疗男性不育症的研究进展。2023年第一期文章正式上线,欢迎点击。高颜值免费 SCI 在线绘图。最全植物基因组数据库IMP。点击图片直达文字对应教程。
2025-03-28 21:02:28
46
转载 北京大学—统计基因组与遗传流行病学 - 功能与单细胞多组 - AI方向诚聘博士后
高颜值免费 SCI 在线绘图。最全植物基因组数据库IMP。点击图片直达文字对应教程。
2025-03-28 21:02:28
32
Masterminds of programming
2010-12-26
gvim常用插件及其配置文件配置(下载解压即可使用)
2010-08-17
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Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition
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空空如也
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