助力药物研发,低成本加速AlphaFold训练从11天到67小时,11倍推理加速——开源解决方案FastFold

AlphaFold被Science和Nature评选为2021年十大科学突破之首。潞晨科技与华深智药联合开源的AlphaFold训练推理加速方案FastFold,将GPU优化和大模型训练技术引入AlphaFold的训练和推理,成功将AlphaFold总体训练时间从11天减少到67小时,且总成本更低,在长序列推理中也实现9.3 ∼ 11.6倍提升

 

FastFold开源地址:https://github.com/hpcaitech/FastFold

蛋白质与AlphaFold

蛋白质是生命的物质基础,几乎支持着生命的所有功能。它们是由氨基酸链组成的大型复杂分子,而蛋白质的作用主要取决于其独特的三维结构。弄清楚蛋白质折叠成什么形状被称为 "蛋白质折叠问题",在过去的50年里一直是生物学的一个巨大挑战。

 AlphaFold预测与实验测量的蛋白质结构对比

实验和计算方法都可用于预测蛋白质结构。实验方法可以获得更准确的蛋白质结构,但需要昂贵的时间和经济成本。计算方法可以用低成本进行高通量的

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