Julse的博客

Predicting circRNA-disease associations based on autoencoder and graph embedding文章链接 https://doi.org/10.1016/j.ins.2021.04.073摘要Circular RNAs (circRNAs) are a special kind of non-coding RNA.They play important regulatory role in diseases through intera

问题有两种关键字，需要在ncbi上面进行查询，返回bioProjectID查询完发现网站地址如下：这就是我们需要请求的页面https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=(frontal%5BAll+Fields%5D+AND+ASD%5BAll+Fields%5D)+AND+%22org+human%22%5BFilter%5D点击查看此时的网页1 处是我们的筛选条件2 处是我们需要返回的bioProjectID请求地址是： 'https://w

文章目录下载 sratoolkit docker镜像使用fastq-dump使用下载 sratoolkit docker镜像镜像地址，命令描述https://hub.docker.com/r/pegi3s/sratoolkit/下载命令docker pull pegi3s/sratoolkit使用fastq-dumpdocker run --rm -v /your/data/dir:/data pegi3s/sratoolkit fastq-dump SRR6175516 --outdir

安装docker学会安装docker之后，想把转录组分析需要的所有软件都装上，后来发现没这个必要需要一个难以安装成功的软件的时候，我们再去使用docker镜像即可保持一个软件，一个docker的简洁即可安装成功，主要是3步参考教程安装依赖包sudo apt-get install \ apt-transport-https \ ca-certificates \ curl \ gnupg-agent \ software-properties-com

pycahrm 安装教程见下面这个网站http://www.360doc.com/content/20/0505/11/52645714_910321194.shtml如何在 Pycharm 中高效使用 R 语言 （图文详解）Pycharm 专业版 两个破解教程教程1，教程2R version 4.0.2 (2020-06-22) 服务器上已经安装，可以正常使用R Language for IntelliJ （pycharm中的插件 file–>setting–>pluge–&g

相关工具安装安装sratoolkit - 参考安装SRA下载小工具安装qiime2-参考qiime2使用总结-下载安装测序文件为双端配置环境变量export PATH=$PATH:$PWD/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin注：$PWD 是当前路径的意思如果下面的命令能打开对应路径，说明路径设置正确cd $PWD/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin下载并拆分SRA文件fastq-dump --split-e SRR11

转换为fastq，默认是分割成三个子文件，这里不需要分割，用下面代码fastq-dump SRR000001 --split-spot --skip-technical可以不用prefetch先下载，直接根据accession 拿到fastqfastq-dump --split-files SRR390728根据单双端拆分fastq-dump --split-e SRR11192680红色方框里面是得到的是拆分后的双端序列，一个是向前，一个是反向...

服务器上缺一些包这些包别人用不着，因此需要创建一个虚拟环境放我们需要的包用conda进行管理比较好但是conda没有安装因此要先安装condaminiconda 与conda相比更轻量级一点，安装更快，没有那么多用不着的包在清华开源镜像上面找到mincondahttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/?C=M&O=A安装sh Miniconda3-py38_4.9.2-Linux-x86_64.sh3.关闭

本文主要内容从NCBI下载SRA文件，并转换fastq 文件导入QIIME2导入fastq到QIIME2中这是QIIME2 使用总结一共有四种方式导入fastq到QIIME2下面的内容参考只有fasta文件，如何导入到qiime2由于从SRA中提取的Fastq文件没有其他辅助文件，需要自行建立一个清单文件可是我们的序列，只有fastq，其他信息一概不知道，也就没办法设置方向什么的了这里再官网中发现了一种导入方式unzip -q se-33.zipqiime tools imp

本文主要内容从NCBI下载SRA文件，并转换fastq 文件导入QIIME2从NCBI下载SRA文件安装SRA下载小工具检查服务器版本uname -a2. toolkit下载地址 - 版本选择https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit压缩包地址https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubun

软件介绍这是一个关于该软件的overviewhttps://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/overview/主要工作流程下载安装安装教程：https://docs.qiime2.org/2020.11/install/native/#install-qiime-2-within-a-conda-environmentwget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2020.11-py36-linux-cond

实现功能：输入：Uniprot中的accession number输出：与输入蛋白相关的蛋白交互对数据下载数据集下载链接：这里下载mitab格式，方便解析ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/intact/current/psimitab/下载intact.txt或者intact.zip 自行解压都行提取IntAct中的全体蛋白对实现效果文件中部分蛋白是Uniprot中的，部分蛋白是EBI中的，目前只考虑Uniprot中的提取到103w对来自unipro

S. Orchard et al., “Protein interaction data curation: The International Molecular Exchange (IMEx) consortium,” Nature Methods, vol. 9, no. 4, pp. 345-350, Apr 2012Henning et al, IntAct: an open source molecular interaction database, Nucleic Acids Resea..

建立连接查询某一条数据更新某一条数据 {"$set":newvalue}批量存储# encoding: utf-8"""@author: julse@qq.com@time: 2020/11/25 14:58@desc:"""import pymongofrom pymongo import MongoClientclass DataOperation: def __init__(self, firstname,secondname, address="XXX", .

比较全面的蛋白对相关数据库简介及其网址。包括相关的network，complex，family，function等相关的pair，甚至还有non-interaction protein pair。偶然看见，如获至宝。目前在寻找最新，最高效的蛋白交互对预测器，希望有读者告知。截取自文献Slater, O., Miller, B. & Kontoyianni, M. Decoding Protein-protein Interactions: An Overview. Curr. Top

1. 原理参考文档：Understanding LSTM Networkshttp://colah.github.io/posts/2015-08-Understanding-LSTMs/2. 编程案例https://www.datatechnotes.com/2019/06/text-classification-example-with-keras.htmlembedding_di...