NCBI使用经验积累

1、下载安装NCBI后，在NCBI_HOME/blast-release/下新建目录db

2、添加环境变量BLASTDB=NCBI_HOME/blast_release/db

3、下载swissport数据库（或其它数据库）到db文件夹

PS1：在java程序中调用blast命令，出现了很奇特的情况：

String blastcmd1 = "cmd /c blastp -db swissprot -query inputfile.fa -out outputfile.txt -evalue 10 -threshold 1.0E-9 -outfmt \"10 sacc\";

String blastcmd2 = "cmd /c psiblast -db swissprot -query inputfile.fa -num_iterations 3 -evalue 0.001 -out_ascii_pssm pssmOutFile.txt";

Process process = Runtime.getRuntime().exec(blastcmd1);语句能正常运行；可

Process process = Runtime.getRuntime().exec(blastcmd2);语句执行时则系统一直显示在运行，没有结果出来，psiblast程序被挂起，可如果把blastcmd2字符串改为："cmd /c start psiblast -db ....."则可以在一个新的命令行窗口运行并得到结果，不过此时process.waitFor()并不会等待psiblast命令执行完就返回0.

该如何解决。---2016/6/26

PS2: 终于解决了以上问题。经查阅网络资源，发现之所以psiblast程序会被挂起的原因是psiblast的输出流有太多内容，导致线程挂起。

修改后程序如下：

String blastcmd = "cmd /c psiblast -db swissprot -query inputfile.fa -num_iterations 3 -evalue 0.01 -out_ascii_pssm pssmOutFile.txt";

Process process = Runtime.getRuntime().exec(blastcmd);

//read the InputStream or OutputStream of Dos command line

BufferedReader breader = new BufferedReader( new InputStreamReader(process.getInputStream()));

while(( s = breader.readLine()) != null)

                System.out.println(s);

breader.close();

int exitValue = process.waitFor();

if (exitValue == 0) {.............}

（感谢小胖的博客: http://blog.163.com/he_junwei/blog/static/19793764620134204431408）--2016/7/2