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原创 数据分析：转录组差异分析方法总结（DESeq2+limma+edgeR+t-test/wilcox-test）
本文详细探讨了转录组数据分析中常用的差异分析R包（如DESeq2、limma和edgeR）及其与t-test/wilcox-rank-sum test的结合使用。文章首先介绍了如何下载和导入测试数据，并批量安装所需的R包。接着，讨论了基因表达count矩阵的标准化方法（如FPKM、TPM等），以及如何通过PCA、tSNE、UMAP和热图等方法进行基因整体水平分布的可视化。随后，文章分别展示了DESeq2、limma和edgeR的差异分析实现及结果解析，并探讨了结合t-test或wilcox-rank-sum
2023-07-17 11:01:18
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原创 【科研绘图系列】R语言绘制气泡图（bubble plot）
本文介绍使用R语言绘制气泡图的方法，包含数据预处理、可视化代码和输出设置。通过加载ggplot2等R包，对两个数据集进行因子化预处理后，分别绘制正负相关气泡图：红色表示正相关，蓝色表示负相关，气泡大小反映效应值。采用分面(facet)按食物类别展示数据，并自定义颜色映射和主题样式。最终通过patchwork包垂直拼接两图，输出PDF格式结果。教程附带百度网盘数据下载链接（提取码h7yt），适用于macOS系统下的R 4.4.3环境。
2025-05-27 00:15:00
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原创 【科研绘图系列】R语言绘制柱状图（bar plot）
本文介绍了使用R语言绘制柱状图的方法。首先加载了ggplot2、Cairo和ggpubr等绘图包，然后导入包含不同食物组与疾病关联数据的数据框。通过数据预处理设置了柱状图颜色方案，并使用自定义函数bar_error绘制带有误差线的柱状图，该图展示了不同食物组与心血管疾病(CVD)、高脂饮食(HF)和2型糖尿病(T2D)的关联程度。文章详细说明了绘图参数设置，包括误差线处理方式、坐标轴调整和图形保存选项。最终输出一张清晰展示数据分布特征的柱状图，并提供了完整的R系统环境信息。
2025-05-26 19:36:53
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原创 单细胞数据分析（五）：三种整合单细胞数据（Harmony、fastMNN、SCTransform）的完整流程
单细胞数据整合方法比较：Harmony、fastMNN与SCTransform的性能评估 本文以23万细胞乳腺癌数据集为例，系统比较了三种单细胞数据整合方法。预处理阶段发现原始数据存在细胞数量差异（236169 vs 236363），需进一步验证。质量评估显示多数样本的基因数、转录本数和线粒体基因比例合理，但存在批次差异。内存需求分析表明：Harmony最节省资源（推荐64GB），fastMNN中等（64-128GB），SCTransform最耗内存（128GB+）。研究采用降采样策略（每个数据集500细胞
2025-05-26 11:23:30
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原创 【文献分享】human_kidney_multiomics提供了数据和代码
本研究通过整合snRNA-seq、ATAC-seq和高通量单细胞分子成像技术，构建了人类肾脏疾病的空间多组学图谱。研究发现，在损伤肾脏中，HAVCR1+VCAM1+近端肾小管细胞获得促炎表型，上调趋化因子、促纤维化因子及黏附分子基因。这些炎症细胞特异性定位于纤维化微环境，并通过旁分泌信号介导白细胞募集和肌成纤维细胞活化。表观遗传分析显示HNF4α缺失及NF-κβ/AP-1激活驱动该炎症表型。动物实验证实，靶向抑制AP-1或清除衰老细胞可改善肾脏炎症和纤维化，提示这些炎症性肾小管细胞是慢性肾病治疗的潜在靶点。
2025-05-25 15:49:26
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原创 【文献分享】A comprehensive single-cell breast提供了代码和数据
【文献分享】A comprehensive single-cell breast提供了代码和数据
2025-05-23 08:40:25
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原创 【文献分享】A single-cell and spatially resolved atlas of human breast cancers提供数据和代码
【文献分享】A single-cell and spatially resolved atlas of human breast cancers提供数据和代码
2025-05-23 08:37:48
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原创 【工具】grcMalaria用于处理和分析“斑点疟疾基因报告卡”的R软件包
【工具】grcMalaria用于处理和分析“斑点疟疾基因报告卡”的R软件包
2025-05-21 08:24:24
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原创 【工具】PathNetDRP一种基于通路和蛋白质-蛋白质相互作用的新型生物标志物发现框架
【工具】PathNetDRP一种基于通路和蛋白质-蛋白质相互作用的新型生物标志物发现框架
2025-05-15 14:50:40
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原创 【数据分析】从TCGA下载所有癌症的多组学数据
本文介绍了一个基于R语言的自动化脚本，用于从TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据库下载多组学数据。该脚本利用TCGAbiolinks包，支持下载7种组学数据类型，包括转录组、DNA甲基化、拷贝数变异、miRNA表达、蛋白质表达、临床数据和体细胞突变。数据按癌症类型和组学类型分类存储，便于后续分析。脚本还包含错误处理机制，确保部分下载失败不会影响整体流程，并提供了并行化选项以加快下载速度。该脚本适用于生物信息学研究人员和癌症基因组学分析团队，能够显著减少数据收集和整理的负担，使研究人
2025-05-14 11:31:34
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原创 R语言机器学习算法实战系列（二十五）随机森林算法多标签分组分类器及模型可解释性
本教程详细介绍了如何使用R语言构建和解释随机森林多分类模型。流程包括数据预处理、模型训练、超参数调优、性能评估及可解释性分析。通过tidymodels框架，教程展示了如何标准化数据、使用交叉验证优化参数（如mtry和min_n），并评估模型性能（如准确率、召回率、F1分数）。此外，教程还利用DALEX框架进行模型解释，包括全局解释（如变量重要性、部分依赖图）和本地解释（如SHAP值、预测分解）。最后，教程提供了可视化工具（如混淆矩阵、ROC曲线）和结果汇总，帮助用户深入理解模型表现。该流程适用于多种多分类场
2025-05-14 10:22:04
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原创 【工具】adverSCarial评估单细胞 RNA 测序分类器抵御对抗性攻击的脆弱性
【工具】adverSCarial评估单细胞 RNA 测序分类器抵御对抗性攻击的脆弱性
2025-05-05 13:06:23
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原创 【文献分享】The dynamics of leadership提供了代码和数据
【文献分享】The dynamics of leadership提供了代码和数据
2025-05-04 09:13:00
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原创 【文献分享】Modelling the species-area提供数据和代码
【文献分享】Modelling the species-area提供数据和代码
2025-04-30 18:19:08
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原创 【数据分析】气候变量对水源使用影响的逻辑回归分析与可视化
本教程以 R 语言为工具，系统地展示了分析气候变量对水源使用影响的全过程。首先对原始水采集数据进行清洗与转换，生成二元变量并标准化降水量数据；随后定义分析变量，将关键数据转换为合适的数据类型；接着通过逻辑回归模型，对不同变量组合进行分析，计算优势比和置信区间，量化气候变量与水源使用的关系。最后，利用ggplot2进行可视化，绘制点图与误差线图，并通过patchwork组合图形，清晰展示分析结果。
2025-04-28 00:30:00
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原创 【工具】scMultiMap基于单细胞多模态数据实现增强子与靶基因的细胞类型特异性映射
【工具】scMultiMap基于单细胞多模态数据实现增强子与靶基因的细胞类型特异性映射
2025-04-27 18:45:59
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原创 【数据分析】基于 R 语言的水采集数据空间分析：一阶差分回归与固定效应建模指南
本教程以 R 语言为工具，针对水采集数据开展空间一阶差分回归分析，实现了从数据准备到结果输出的全流程操作。通过加载必要 R 包、设置数据子集参数，完成数据初步处理；利用自定义函数对数据进行缩放和虚拟变量转换，为回归模型构建做好铺垫。借助batchlm函数结合不同时间滞后，全面分析气候变量对目标变量的影响，并运用并行计算提升分析效率。最终将各时间滞后的回归结果汇总保存，为研究提供清晰的数据支撑。
2025-04-26 01:30:00
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原创 【数据分析】酵母实验多指标数据的 R 语言分析与可视化
本教程使用 R 语言对酵母相关的多个实验数据集进行综合分析，旨在探究不同因素对多种实验指标的影响。首先，教程加载了众多必要的 R 包，以支持后续的数据处理、可视化和统计分析。
2025-04-24 10:57:22
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原创 【文献分享】Leveraging deep single-soma RNA提供了数据和代码
【文献分享】Leveraging deep single-soma RNA提供了数据和代码
2025-04-24 10:20:43
612
原创 【文献分享】Multimodal transcriptomics提供了代码和数据
【文献分享】Multimodal transcriptomics提供了代码和数据
2025-04-24 09:54:27
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原创 【工具】miss-SNF一种多模态患者相似性网络整合方法以处理完全缺失的数据源
【文献分享】miss-SNF一种多模态患者相似性网络整合方法以处理完全缺失的数据源
2025-04-24 08:30:15
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原创 【数据分析】宏基因组alpha和beta多样性分析和差异物种筛选案例
本教程为读者呈现了宏基因组α和β多样性分析的完整案例。通过实际数据和详细步骤，读者可以深入理解这两种分析方法及其在R语言中的实现过程。教程中不仅提供了清晰的代码示例，还对每一步骤进行了详细解释，使读者能够轻松跟随并掌握分析技巧。无论是初学者还是有一定基础的研究者，都能通过本教程快速上手宏基因组多样性分析，为微生物组学研究提供有力支持。
2025-04-23 02:00:00
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原创 【科研绘图系列】R语言绘制进化树和箱线图（ cladogram & boxplot）
【科研绘图系列】R语言绘制进化树和箱线图（ cladogram & boxplot）
2025-04-23 01:00:00
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原创 【文献分享】Model-based evaluation提供了数据和代码
【文献分享】Model-based evaluation提供了数据和代码
2025-04-22 22:43:49
716
原创 【科研绘图系列】R语言绘制物种指数相关散点图（scatter plot）
【科研绘图系列】R语言绘制物种指数相关散点图（scatter plot）
2025-04-22 01:00:00
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原创 【数据分析】Amplicon sequence扩增子下游数据分析流程
这份教材为微生物组数据分析提供了一个全面的指南，涵盖了从数据加载到结果可视化的全过程。通过详细的步骤和丰富的图表，教材帮助研究人员深入理解微生物群落的结构和功能，揭示微生物群落的生态学特征。教材不仅提供了实用的代码示例，还通过实际数据展示了如何进行微生物组数据分析，使其成为一个非常有价值的资源。
2025-04-21 01:00:00
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### 【生物信息学】基于R语言的STAMP图绘制：宏基因组数据分析与可视化
2025-04-20
科研绘图R语言ggpubr包在数据可视化中的应用：多种图表类型与统计分析整合
2025-04-20
### 数据科学R语言基础图形合集：科研绘图指南与实现
2025-04-20
科研绘图基于ggplot2的箱线图绘制：带有出现率百分比的多组别数据分布比较及可视化
2025-04-20
科研绘图领域：tidyplots包替代ggplot2实现高效美观的论文图表制作
2025-03-25
科研绘图系列：R与Python在数据可视化中的应用及代码比较
2025-03-25
在R语言中，安装R包是数据分析过程中不可或缺的一部分 当你需要执行特定的统计测试、可视化或其他任务时，你可能会发现相应的功能已经被封装在一个或多个R包中
2025-01-23
数据分析：转录组差异分析总结（DESeq2+limma+edgeR+t-test/wilcox-test
2024-11-19
科研绘图系列：R语言雨云图展示更多数据分布信息
2024-11-18
科研绘图系列：箱线图加百分比点图展示组间差异
2024-11-16
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