Scoary项目使用教程

Scoary项目使用教程

Scoary Pan-genome wide association studies 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sc/Scoary

1. 项目目录结构及介绍

Scoary是一个用于进行泛基因组关联分析的工具，其项目目录结构如下：

Scoary/
├── docs/                # 文档目录
├── scoary/              # Scoary核心代码目录
├── tests/               # 测试代码目录
├── .travis.yml          # Travis CI持续集成配置文件
├── CHANGELOG.md         # 更新日志
├── LICENSE              # 开源许可证
├── MANIFEST.in          # 打包配置文件
├── README.md            # 项目说明文件
├── README_pypi.md       # PyPI上的项目说明文件
├── requirements.txt     # 项目依赖文件
├── setup.cfg            # 安装配置文件
└── setup.py             # 项目安装脚本

• docs/：存放项目文档。
• scoary/：包含Scoary的主要代码文件。
• tests/：包含对Scoary进行单元测试的代码。
• .travis.yml：配置Travis CI进行自动化测试。
• CHANGELOG.md：记录了项目的所有更新和修改。
• LICENSE：项目使用的开源许可证信息。
• MANIFEST.in：指定打包时需要包含的文件。
• README.md：项目的详细说明。
• README_pypi.md：针对PyPI的说明文件。
• requirements.txt：列出项目运行所需的依赖库。
• setup.cfg：安装时的一些配置。
• setup.py：项目的安装脚本。

2. 项目的启动文件介绍

Scoary的主要启动文件是scoary.py，它位于scoary/目录下。使用此脚本可以启动Scoary工具，进行泛基因组关联分析。运行方式如下：

python scoary.py -g <gene_presence_absence.csv> -t <traits.csv>

其中，-g参数指定基因存在与否的CSV文件，-t参数指定待分析的特征文件。

3. 项目的配置文件介绍

Scoary的配置主要通过命令行参数进行，但也支持一些配置文件。配置文件通常是config.yaml，该文件可以放在项目根目录或用户的主目录下。

配置文件中可以包含以下内容：

# Scoary配置文件示例

# 输入文件
input:
  gene_file: gene_presence_absence.csv
  trait_file: traits.csv

# 分析参数
analysis:
  permutation: 1000
  pvalue_threshold: 0.05

# 输出设置
output:
  directory: ./output
  prefix: scoary_results

在这个配置文件中，input部分定义了输入文件的路径，analysis部分定义了分析时使用的参数，如置换次数和p值阈值，output部分定义了输出文件的存放路径和文件前缀。这些配置可以在命令行运行时被覆盖。

Scoary Pan-genome wide association studies 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sc/Scoary