seqr项目启动与配置教程

seqr项目启动与配置教程

seqr web-based analysis tool for rare disease genomics 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/se/seqr

1. 项目的目录结构及介绍

seqr项目的目录结构如下所示：

seqr/
├── .circleci/             # CircleCI持续集成配置文件
├── .gitignore             # Git忽略文件
├── .travis.yml            # Travis CI持续集成配置文件
├── analysis/              # 分析相关脚本和代码
├── app/                   # seqr应用的主要代码
│   ├── __init__.py
│   ├── static/            # 静态文件，如CSS、JavaScript等
│   ├── templates/         # HTML模板文件
│   ├── urls.py            # URL路由配置
│   └── wsgi.py            # WSGI应用入口
├── bamboo/                # 旧的代码，可能包含一些不再使用的功能
├── bin/                   # 项目启动脚本和工具
├── config/                # 配置文件和相关设置
├── docker/                # Docker相关配置和镜像
├──/docs/                  # 文档和教程
├── requirements/          # 项目依赖的Python包列表
├── seqr/                  # seqr项目的核心代码包
│   ├── __init__.py
│   ├── management/        # 管理命令
│   ├── models/            # 数据库模型
│   ├── seqr/              # seqr功能模块
│   └── tests/             # 单元测试
├── scripts/               # 通用脚本文件
└── setup.py               # Python包配置文件

• app/：包含seqr应用的主要代码，包括静态文件、模板、URL路由等。
• analysis/：包含分析相关脚本和代码。
• bin/：包含项目启动脚本和一些辅助工具。
• config/：包含项目配置文件和相关设置。
• docker/：包含Docker配置文件和镜像构建脚本。
• requirements/：列出项目依赖的Python包。
• seqr/：seqr项目的核心代码包，包含数据库模型、功能模块和测试代码。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件位于bin/目录下，主要包括以下脚本：

• seqr: seqr应用的启动脚本，用于启动Django开发服务器。
• seqr-celery: 启动Celery worker的脚本，用于处理后台任务。
• seqr-gunicorn: 使用Gunicorn WSGI HTTP服务器的启动脚本，适合生产环境。

以seqr为例，该脚本通常用于开发环境，其内容可能如下：

#!/usr/bin/env bash
python manage.py runserver 0:8000

该命令启动Django的开发服务器，默认监听8000端口。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件位于config/目录下，主要包括以下几个文件：

• config.json：seqr应用的配置文件，包含了数据库连接信息、第三方服务配置等。
• local.py：本地开发环境的配置文件，可以覆盖config.json中的部分配置。
• prod.py：生产环境下的配置文件，同样可以覆盖config.json中的配置。

config.json文件可能包含以下内容：

{
  "database": {
    "ENGINE": "django.db.backends.postgresql",
    "NAME": "seqr_db",
    "USER": "seqr_user",
    "PASSWORD": "seqr_password",
    "HOST": "localhost",
    "PORT": "5432"
  },
  " Celery": {
    "BROKER_URL": "redis://localhost:6379/0",
    "RESULT_BACKEND": "redis://localhost:6379/0"
  }
  // 其他配置...
}

这些配置文件定义了seqr应用如何连接数据库、如何配置Celery任务队列等关键配置。在开发或部署时，可以根据实际环境调整这些配置文件以满足不同需求。

seqr web-based analysis tool for rare disease genomics 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/se/seqr