parallel-fastq-dump 使用教程

解释下这个代码(/public/home/xumiaoyun/wy/cxgg/biosoft/fastp/env) [xumiaoyun@login fastp_results]$ cat fastp.pbs #PBS -N hisat2_align #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -q node #PBS -V #PBS -S /bin/bash cd /public/home/xumiaoyun/wy/cxgg/rnaseq/fastp_results NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` NN=`cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq | tee /tmp/nodes.$$ | wc -l` #!/bin/bash # 定义原始数据目录和输出目录 RAW_DATA_DIR="/public/home/xumiaoyun/wy/cxgg/rnaseq/Rawdata" OUTPUT_DIR="/public/home/xumiaoyun/wy/cxgg/rnaseq/fastp_results" # 确保输出目录存在 mkdir -p "$OUTPUT_DIR" # 遍历原始数据目录下的每个子目录 for SAMPLE_DIR in "$RAW_DATA_DIR"/*/ do # 获取样本名称（去除路径末尾的/） SAMPLE_NAME=$(basename "${SAMPLE_DIR%/}") # 定义输入和输出文件路径（添加路径分隔符/） R1_INPUT="${SAMPLE_DIR}${SAMPLE_NAME}_R1.fq.gz" R2_INPUT="${SAMPLE_DIR}${SAMPLE_NAME}_R2.fq.gz" R1_OUTPUT="${OUTPUT_DIR}/${SAMPLE_NAME}_R1.trimmed.fastq.gz" R2_OUTPUT="${OUTPUT_DIR}/${SAMPLE_NAME}_R2.trimmed.fastq.gz" # 使用fastp处理R1文件 fastp -i "$R1_INPUT" -o "$R1_OUTPUT" -h "${OUTPUT_DIR}/${SAMPLE_NAME}_R1.fastp.html" \ --thread 5 \ --clip_r1 10 \ --length_required 35 \ --qc_offset 33 \ --detect_adapter_for_r1 true \ --adapter_set Nextera \ --trim_ns both \ --trim_poly_x both 3 \ --disable_trim_tail \ --disable_trun \ --disable_merge \ --disable_local \ --disable_gzip \ --dump_html # 使用fastp处理R2文件 fastp -i "$R2_INPUT" -o "$R2_OUTPUT" -h "${OUTPUT_DIR}/${SAMPLE_NAME}_R2.fastp.html" \ --thread 5 \ --clip_r2 10 \ --length_required 35 \ --qc_offset 33 \ --detect_adapter_for_r2 true \ --adapter_set Nextera \ --trim_ns both \ --trim_poly_x both 3 \ --disable_trim_tail \ --disable_trun \ --disable_merge \ --disable_local \ --disable_gzip \ --dump_html & # 等待所有后台进程完成 wait done echo "Processing complete." rm "$temp_file"rm -rf /tmp/nodefile.$$ rm -rf /tmp/nodes.$$ ####