《Sepsis-3指南在MIMIC-III中的评估项目安装与配置指南》

苏舰孝Noel

于 2025-04-20 11:40:21 发布

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《Sepsis-3指南在MIMIC-III中的评估项目安装与配置指南》

sepsis3-mimic Evaluation of the Sepsis-3 guidelines in MIMIC-III 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/se/sepsis3-mimic

1. 项目基础介绍

本项目是关于在MIMIC-III数据库中评估Sepsis-3指南的一个开源项目。Sepsis-3是一种用于识别败血症的指南，而MIMIC-III是一个公开的医疗数据库，包含了大量 intensive care unit (ICU) 的患者数据。该项目主要通过分析电子健康记录中的败血症识别方法，来比较不同方法的队列大小和疾病的严重程度。

主要编程语言：Jupyter Notebook (主要)、Python、TSQL (Transact-SQL)、PLSQL (Procedural Language/SQL)

2. 项目使用的关键技术和框架

Jupyter Notebook：用于代码编写、文档编写以及代码执行的环境。
Python：一种广泛使用的高级编程语言，本项目用于数据分析。
TSQL (Transact-SQL)：SQL Server 的扩展语言，用于管理关系数据库。
PLSQL (Procedural Language/SQL)：Oracle 数据库的过程式语言，用于数据库操作。
Git：版本控制系统，用于源代码管理。

3. 项目安装和配置的准备工作与详细步骤

准备工作

安装Git：在您的系统中安装Git，用于克隆项目仓库。在命令行中执行以下命令安装Git：
```
sudo apt-get install git
```
安装Python：本项目需要Python环境，您可以从Python官网下载并安装。推荐安装Python 3.x版本。
安装Jupyter Notebook：在安装了Python的环境中，通过pip安装Jupyter Notebook：
```
pip install jupyter
```

安装步骤

克隆项目仓库：打开命令行，执行以下命令克隆项目：
```
git clone https://github.com/alistairewj/sepsis3-mimic.git
```
安装项目依赖：进入项目目录，通过pip安装项目所需的Python包：
```
cd sepsis3-mimic
pip install -r requirements.txt
```
设置数据库（可选）：如果需要从MIMIC-III数据库中生成CSV文件，您需要安装PostgreSQL数据库，并按照项目中的说明安装MIMIC-III数据库。
运行数据分析：在准备好数据后，可以通过Jupyter Notebook执行项目中的sepsis-3-main.ipynb文件来进行分析。