RFdiffusion 项目使用教程

RFdiffusion 项目使用教程

RFdiffusion Code for running RFdiffusion 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/rf/RFdiffusion

1. 项目目录结构及介绍

RFdiffusion 项目的目录结构如下：

RFdiffusion/
├── config/
│   └── inference/
├── docker/
├── env/
│   └── SE3Transformer/
├── examples/
├── helper_scripts/
├── img/
├── rfdiffusion/
├── scripts/
├── tests/
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
└── setup.py

目录介绍

• config/: 包含项目的配置文件，特别是 inference 目录下的配置文件用于推理任务。
• docker/: 包含 Docker 相关的文件，用于容器化部署。
• env/: 包含环境配置文件，特别是 SE3Transformer 目录下的文件用于安装 SE(3)-Transformers。
• examples/: 包含示例文件，用于演示如何使用 RFdiffusion 进行不同类型的蛋白质设计。
• helper_scripts/: 包含辅助脚本，用于简化项目的使用。
• img/: 包含项目文档中使用的图片文件。
• rfdiffusion/: 包含 RFdiffusion 的核心代码。
• scripts/: 包含运行 RFdiffusion 的主要脚本，如 run_inference.py。
• tests/: 包含测试文件，用于确保代码的正确性。
• .gitignore: Git 忽略文件，指定哪些文件和目录不需要被 Git 管理。
• LICENSE: 项目的开源许可证文件。
• README.md: 项目的说明文档，包含项目的概述、安装和使用说明。
• setup.py: 项目的安装脚本，用于安装项目的 Python 包。

2. 项目启动文件介绍

RFdiffusion 项目的主要启动文件是 scripts/run_inference.py。这个脚本是用于运行 RFdiffusion 的核心脚本，负责执行蛋白质设计的推理任务。

run_inference.py 文件介绍

• 功能: 该脚本用于执行蛋白质设计的推理任务，支持多种设计模式，如无条件生成、基于模体的支架设计等。
• 使用方法: 通过命令行调用该脚本，并使用 Hydra 配置文件来指定不同的参数和选项。
• 示例:

  python scripts/run_inference.py 'contigmap.contigs=[150-150]' inference.output_prefix=test_outputs/test inference.num_designs=10
  

3. 项目的配置文件介绍

RFdiffusion 项目的配置文件主要位于 config/inference/ 目录下。这些配置文件用于指定推理任务的各种参数和选项。

config/inference/base.yml 文件介绍

• 功能: 该配置文件定义了推理任务的默认参数，如蛋白质长度、输出路径、设计数量等。
• 使用方法: 可以通过命令行覆盖这些默认参数，以适应不同的设计需求。
• 示例:

  python scripts/run_inference.py 'contigmap.contigs=[150-150]' inference.output_prefix=test_outputs/test inference.num_designs=10
  

其他配置文件

• config/inference/ 目录下的其他文件: 这些文件可能包含特定任务的配置，如对称性设计、模体支架设计等。

通过以上介绍，您应该能够了解 RFdiffusion 项目的目录结构、启动文件和配置文件的基本情况，并能够根据需要进行相应的配置和使用。

RFdiffusion Code for running RFdiffusion 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/rf/RFdiffusion