linux行读入，数组，加减乘除

cat sample | while read id
do
        array=($id)#不能有空格 与perl不同 把读入的数据放进数组（）
        fqname=$array[0]#必须大括号括起来不然$array为一个整体
        dirname=${array[1]}
        echo $fqname
        echo $dirname
done        

加减

cat gff | while read id
do
	array=($id) 
	chr=${array[0]}
	start=${array[3]}
	end=${array[4]}
	distance=100
	pre_start=`expr ${start} - ${distance}`
	post_end=`expr ${end}+${distance}`
	echo $chr,$pre_start,$start,$end,$post_end
done

可以使用双括号 ((…)) 和 $((…)) 或使用内置的 let 命令执行算术扩展。

i=$((i+1))

((i=i+1))

let "i=i+1"

i=$((i-1))

((i=i-1))

let "i=i-1"

x=60
cat z.33bam | while read id
do
#array=($id)
#dirname=${array[0]}
#file=${array[1]}
x=$((x+1))
dirname=${x}_.${id}
cp */*$file*.bam ../$dirname/$dirname.bam
cp ../bamtofq.sh ../