生信学习—Biostar课程1、2熟悉linux命令,下载基因组信息

博主选择《Biostar handbook》中文翻译整理入门生信学习。因教材需用Linux系统,在Windows电脑装虚拟机。课程1熟悉常用Linux命令及用man调出命令手册;课程2下载酵母基因组信息,熟悉wc、grep等命令,掌握管道命令实现多样功能。

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我首先选择了一个入门教材《Biostar handbook》的中文翻译整理进行学习。

准备

这个教材需要使用Linux系统。为了顺利进行学习,我在我的window电脑上装了虚拟机,让我可以随时使用Linux系统。参考虚拟机安装,及配置

Biostar 课程1

第1课是熟悉一下linux中的一些很常用的命令,比如 pwd,ls,cd,mkdir,rm,rmdir,mv
我认为最重要的是知道利用man+命令,就可以调出命令使用手册。

Biostar 课程2

第2课首先下载了酵母基因组特征信息和序列,并把基因组特征信息保存为另一个文件。
其中熟悉了wc,head,more,grep,cat,cut等命令,如果能够使用管道命令(多个命令连用),这些命令可以实现非常多的功能,比如找出特定词所在行,分割文件,输出文件特定列,统计词频,去除重复词等等。

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