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去下载GSE154778_RAW.tar文件。在R的工作路径下新建 data文件夹，然后将GSE154778_RAW.tar文件复制到data中，解压打开数据处理。
2025-01-07 12:18:44
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原创 Single Cell——轨迹分析（Monocle3）
3D轨迹实际上就是降维时选前3个主成分 => max_components = 3，后续都和2D保持类似cds_3d <- reduce_dimension(cds, max_components = 3)#降维到3cds_3d <- cluster_cells(cds_3d)#聚类cds_3d <- learn_graph(cds_3d)#学习图形结构。
2025-01-06 17:57:39
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原创 Single Cell——转录因子调控网络分析（SCENIC）
SCENIC (Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering) 是从单细胞RNA数据推断基因调控网络及其相关细胞状态的工具。原作者将SCENIC应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据，证明了顺式调控网络分析能够有助于深入挖掘细胞异质性背后的生物学意义，并为疾病的诊断、治疗以及发育分化的研究提供有价值的线索。SCENIC在2017年首先发表于nature methods，2020年又将流程整理后发表于nature protocls。有R版和pyth
2025-01-04 18:39:49
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原创 Single Cell ——CellChat细胞通讯分析
CellChat 是一个用于分析和可视化单细胞 RNA 测序数据中细胞间通讯的 R 包。它特别适用于研究细胞群体如何通过分泌因子（如细胞因子、趋化因子等）相互影响。CellChat 提供了一种方法来推断和分析细胞间的潜在相互作用，这些相互作用可能在许多生物学过程和疾病状态中发挥作用。
2025-01-03 21:18:48
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原创 Single Cell ——scATAC-seq并整合scRNA-seq数据
在本文中，我们将分析由10x Genomics提供的人类外周血单个核细胞（pbmc）的单细胞ATAC-seq数据集。
2025-01-03 17:07:28
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原创 Single Cell—scRNA-seq
单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术已成为解开单个细胞内RNA转录物的异质性和复杂性，以及揭示高度组织化组织/器官/生物体内不同细胞类型和功能的组成的最先进方法。通过单细胞RNA测序，现在可以在一项研究中分析超过数百万个细胞的单细胞水平的转录组。这使我们能够在转录组水平上对每个细胞进行分类、表征和区分，从而识别出稀有但功能重要的细胞群。在本教程中，我们将分析来自 10X Genomics 的免费提供的外周血单个核细胞（PBMC）数据集。
2025-01-02 17:15:51
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原创 生信分析—差异分析,聚类分析，相关性分析
生信中提到的二代数据通常指的是第二代测序数据，即在基因组学研究中使用的第二代高通量测序技术生成的数据。第二代测序技术包括Illumina/Solexa、454/Roche、Ion Torrent等平台，它们通常以高通量、低成本、高准确性和较短的读长为特点。这些技术的出现使得大规模基因组测序成为可能，对于遗传学、演化生物学、临床医学等领域的研究起到了重要的推动作用。表型：生物个体可观测的性状。基因型：是指某一生物个体全部基因组合的总称。它反映生物体的遗传构成，即从双亲获得的全部基因的总和。
2023-11-18 15:56:39
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原创 服务器从零部署环境进行测序
加载所需的包#生成随机数据，以一个表达定量文件为基础，生成随机数列来替换其中的样本表达量这一列，从而得到多个表达定量文件用于后边合成表达谱# 循环20次# 读取原始数据表# 将第七列替换为随机数列# 导出新表write.csv(original_data, paste0("新表_", i, ".csv"), row.names = FALSE)#将生成的随机数据读入，合成表达谱# 获取当前文件夹下所有的CSV文件# 创建一个空的数据框用于存储合并后的结果。
2023-10-02 14:11:39
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原创 Java—09—面向对象
Java方法是一组指令的集合，用于执行特定的任务。它们是在类中定义的，并且可以从其他类中使用。在Java中，方法被定义为类中的一个代码块，用于执行特定功能。下面是Java方法的定义：访问修饰符 返回类型 方法名(参数列表) {// 方法体// 执行具体的任务return 返回值;其中，访问修饰符指定了该方法可以被哪些代码访问。返回类型指定了该方法返回值的数据类型。方法名是一个用于标识方法的名称。参数列表指定了传递给该方法的参数。方法体包含实际的Java代码，执行特定的任务。
2023-09-19 14:23:04
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原创 Java—08—数组
数组是一种数据结构，用于存储一组相同类型的数据元素，这些数据元素按照一定的顺序排列，并且可以通过一个公共的下标来访问和操作其中的元素。数组的定义通常包含以下几个要素：数据类型：数组中存储的数据元素的类型，可以是任何合法的数据类型，比如整型、字符型、浮点型等。数组名：数组的名称，用于标识数组，可以由字母、数字和下划线组成，但必须以字母或下划线开头。数组长度：数组中存储的元素的个数，通常用非负整数表示。元素类型：数组中每个元素的数据类型，和数组的数据类型相同。
2023-09-14 17:30:29
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原创 Java—07—方法
Java方法定义是指在Java程序中创建和声明方法的过程。方法定义包括方法的名称、参数列表、返回类型和方法体。访问修饰符用于控制方法的访问权限，可以是public、protected、private或默认。static关键字表示该方法是静态方法，可以在无需创建对象的情况下直接调用。final关键字表示该方法是不可重写的。返回类型指定方法的返回值类型。可以是任何Java数据类型，包括基本数据类型、对象和数组。如果方法不返回任何值，则返回类型为void。方法名是方法的唯一标识符，同时也是方法的调用标识符。
2023-09-12 16:06:33
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原创 Java基础—06—流程控制
分别表示字符串、整数和带有两位小数的浮点数。在这些格式说明符后面，用一个逗号分隔要输出的变量列表即可。以上所有步骤都是按照顺序依次执行的。这就是顺序结构的特征。当条件为false时do while循环会多增加一次。JDK7以后支持string。在上面的示例中，我们使用了。
2023-09-10 10:57:10
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原创 Java——03
Java的包机制是一种组织代码的方式，可以将相关的类和接口组织在一起，并与其他包中的代码分隔开来。包可以提供一些重要的功能，例如：命名空间管理：Java包可以为类和接口提供命名空间，防止命名冲突。访问控制：Java包可以使用访问修饰符控制类和接口的可见性。模块化：Java包可以使代码更易于维护和组织，促进模块化设计。这个包声明将包含在com.example.myproject包中的所有类和接口。包名应该按照惯例使用小写字母，多个单词之间用点号（.）隔开。Java包还可以通过类路径来加载。
2023-09-04 20:27:09
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原创 python基础—05–双for循环
""":param r:打印行数:param c: 打印列数:return:"""for i in range(r): # 外层循环控制行for z in range(c): # 内层循环控制列print()sd(4,7)###定义一个一维列表的函数#例如：[1,2,3]->1 2 3list01 = [###列表转置list01 = [[1,2,3,4],[5,6,7,8],
2023-09-02 15:01:33
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原创 Python基础--03
一系列字符组成的不可变序列容器，存储的是字符的编码值下面是一些Python中常见的字符串字面值的示例：""或''或或其中，name和age是变量名，可替换为任意值。在使用f字符串格式化时，使用{}包含变量名即可插入变量值。
2023-08-29 22:04:47
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空空如也
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