IGV软件可视化使用，以及bw文件生成

一、IGV软件介绍

IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款强大的基因组数据可视化工具

二、准备IGV的输入文件

IGV可输入文件格式：bw、bam文件

（1）假设有Cleandata的fastq文件，生存bam文件和bw

##构建STAR的索引
STAR --runThreadN 8 --runMode genomeGenerate --genomeDir STARindex --genomeFastaFiles reference.fa --sjdbGTFfile reference.gtf  --limitGenomeGenerateRAM 150000000000 --genomeSAindexNbases 7 

##备注构建索引时没有gtf，可去除--sjdbGTFfile reference.gtf参数



##利用STAR比对软件生存bam文件，STARindex/文件下即为构建好的索引 
STAR --runThreadN 6 STARindex --readFilesIn sample_1.fq.gz  sample_2.fq.gz  --outSAMattributes All --outFilterType BySJout --outSAMunmapped Within --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --outSAMattrIHstart 0 --outWigType bedGraph --outWigStrand Unstranded --outFileNamePrefix  /home/sample/   --readFilesCommand zcat --limitBAMsortRAM 50000000000 --outReadsUnmapped Fastx  --genomeDir STARindex/ 


##bw文件转换， 利用deeptools
bamCoverage -b Aligned.sortedByCoord.out.bam  -o sample.bw  --normalizeUsing RPKM -p 8

（2）由于IGV需要排序后的bam文件，因此对生成的bam进行排序，可以在集群中排序，也可以在IGV软件中实现

第一种：在集群中实现

##1.对bam文件进行排序，IGV需要输入排序后的bam文件
inpath="/home/bamdir/"
outpath="/home/resultdir"
inputbam="${inpath}${i}/Aligned.sortedByCoord.out.bam"
sorted_bam="${outpath}${i}.sorted.bam"

##排序bam
samtools sort "$inputbam" -o "$sorted_bam" 
	
##构建bam索引
samtools index "$sorted_bam" 

##获取指定基因的bam文件
samtools view -h -b "$sorted_bam" "chr4:139085251-139163503" -o "${outpath}${i}.gene_region.bam"



#若有多个样本可批量
for i in sample1  sample2;do
	inputbam="${inpath}${i}/Aligned.sortedByCoord.out.bam"
	sorted_bam="${outpath}${i}.sorted.bam"
	samtools sort "$inputbam" -o "$sorted_bam" &&
	samtools index "$sorted_bam"  &&
	samtools view -h -b "$sorted_bam" "chr4:139085251-139163503" -o "${outpath}${i}.gene_region.bam"
done

 第二种：直接在IGV中排序和构建索引

导入参考基因组

1. 准备文件：参考基因组的FASTA文件（通常是.fa或.fasta格式）。

2. 打开IGV：启动IGV软件。

3. 导入基因组文件：

   • 点击菜单栏中的Genomes → Load Genome from File。

   • 在弹出的文件选择对话框中，找到并选择你的参考基因组FASTA文件。

4. 生成索引（可选）：

   • 如果你的FASTA文件没有索引文件（.fai），IGV会提示你生成索引。

   • 点击Tools → Run igvtools，在弹出的界面中选择Command为Index，然后选择你的FASTA文件并点击Run。

导入GTF文件

1. 准备GTF文件：参考基因组对应的GTF注释文件。

2. 对GTF文件排序：

   • 如果你的GTF文件未排序，建议先进行排序。点击Tools → Run igvtools，选择Command为Sort，输入GTF文件并点击Run，生成排序后的文件（如sorted.gtf）。

3. 导入GTF文件：

   • 点击File → Load from File。

   • 在文件选择对话框中，找到并选择排序后的GTF文件（或未排序的原始GTF文件，IGV会自动处理）。

4. 生成GTF索引：

   • 如果需要，可以对GTF文件生成索引。点击Tools → Run igvtools，选择Command为Index，输入排序后的GTF文件并点击Run

选择想要的操作，构建索引或者排序

（3）导入bam文件，或者bw文件

点击File → Load from File，上传bam或者bw文件。bam排序也是iGVtools，和上面一样

（4）查看信息，可以通过缩小放大展示不同的区域