16S扩增子分析流程：vsearch、usearch和R语言

最新推荐文章于 2024-12-15 10:41:08 发布
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文章标签： r语言 开发语言 Workflow
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本文详细介绍了16S扩增子数据分析流程，涉及vsearch和usearch的预处理、OTU聚类及序列注释，以及R语言在数据分析和可视化的应用，包括群落结构分析和物种多样性计算。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

在16S扩增子分析中，vsearch、usearch和R语言是常用的工具和编程语言。本文将介绍一个基本的分析流程，涵盖了使用这些工具和语言进行16S扩增子数据处理和分析的步骤。

  1. 数据预处理
    首先，我们需要对原始的16S扩增子测序数据进行预处理，包括去除低质量的序列、去除引物和连接器序列以及合并重叠的序列。vsearch和usearch是两个常用的工具，可以完成这些任务。下面是一个使用vsearch进行数据预处理的示例命令：
vsearch --fastq_filter input.fastq --fastq_maxee 1 --fastq_trunclen 250 --fastaout output.fasta
  1. OTU聚类
    接下来，我们需要对预处理后的序列进行聚类，将相似的序列归类为操作税单元（Operational Taxonomic
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【生信】联合使用 vsearch+usearch11+QIIME 处理双端测序数据
小哲的博客
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使用 vsearch+usearch11+QIIME 处理双端测序数据 上文说到，使用Vsearch、Usearch、QIIME均可以处理双端测序数据。这里为了充分利用每个工具的优点，开发了一个使用vsearch、usearch11和QIIME1.9的16S rRNA数据处理工具。输入双端测序数据，最终得到OTU丰度表以及相关的系统发育树。 #!/bin/bash ### 使用 vsear...
USearch: 轻量级高性能向量搜索引擎详解
qq_29929123的博客
08-26 541
USearch是一个轻量级的向量搜索引擎，其基本功能与FAISS相似。如果你曾经研究过近似最近邻（Approximate Nearest Neighbors，ANN）搜索，你会发现USearch的接口非常熟悉。USearch作为一个轻量级的向量搜索引擎，为开发者提供了一个强大而灵活的工具。它的小巧体积、高性能和广泛的兼容性使其成为许多应用场景的理想选择。通过与LangChain的集成，我们可以轻松地在各种语言模型应用中使用USearch进行高效的向量搜索。
利用vsearch配合usearch合成OTU表，并用mothur软件做后续分析
weixin_42480153的博客
12-03 4911
下载RDP训练集 https://www.mothur.org/wiki/RDP_reference_files#Version_14 训练集小写转成大写 cat trainset16_022016.pds.fasta | tr a-z A-Z >trainset16.fasta 安装vsearch\usearch\mothur 解压序列文件 gzip -d *.gz 重命名fq文件...
clustMD r语言_使用vsearch,usearch和R语言进行16s扩增子分析
weixin_31869579的博客
01-13 1363
以下教程中vsearch和usearch部分的操作在虚拟机中的ubuntu18系统下进行。1. 示例数据的下载czh@ubuntu:~/Desktop$ curl -O https://AstrobioMike.github.io/tutorial_files/amplicon_example_workflow.tar.gz% Total % Received % Xferd Averag...
使用vsearch进行16s扩增子高通量序列分析步骤
zrc_xiaoguo的博客
10-08 1212
VSEARCH是一个开源免费的64位，无内存限制的扩增子数据处理分析软件。（点到为止，其他的建议大家参考原文献和网站)最新文献：Edgar RC (2016)bioRxiv。
烂电脑也能利用vsearch+usearch注释物种和out_table, 摆脱qiime2.
h123t3的博客
01-21 1520
在Linux里解压，不用命令也可以解压，右键Extract Here然后把解压的换名，例如：usearch11.0.667_i86linux32换成usearch，这样是更方便使用，然后把解压的usearch 移动到/usr/bin，依然是右键然后Rename。用到的路径均是绝对路径，这也是我的一向风格。# otu去嵌合体: 去嵌合体有两种方法：一是基于参考数据库，一是基于无参考数据库的 denovo 方法。1、批量序列合并和重命名，本命令是遍历所有你的前端和后端fq文件，相信大家的不会只有一个fq文件。
Vsearch免费替代收费版的usearch
周欣的博客
11-02 3973
  本文首先发布于“宏基因组”公众号原创。 作者：舟行天下 编辑：metagenome 前言 用usearch，這个usearch在序列搜索、聚类、去重、去嵌合体等序列操作有非常重要的作用。它由大神Robert Edgar开发，详情见文章：扩增子分析神器USEARCH简介 usearch这个软件的安装以及使用都非常方便，简直就是扩增子测序分析的神器！进入官网USEARCH我们可以看到作...
[深入探索USearch：轻量级高性能的向量搜索引擎]
最新发布
saghthefs的博客
12-15 390
USearch是一个高效的单文件向量搜索引擎，其主要功能与广为人知的FAISS相似。它们都使用了HNSW（Hierarchical Navigable Small World）算法进行近似最近邻搜索。然而，USearch的设计更加注重轻量化和用户自定义度，能够实现与FAISS相媲美的性能。USearch为需要轻量级向量搜索的开发者提供了一个高效的解决方案，尤其在环境受限或关注灵活性时非常有用。建议深入阅读USearch的官方文档，以更好地自定义和优化使用。
Linux最新使用vsearch进行16s扩增子高通量序列分析步骤_vsearch安装(4)，2024年最新2024年阿里Linux运维高级面试题及答案
05-10 780
最近很多小伙伴找我要Linux学习资料，于是我翻箱倒柜，整理了一些优质资源，涵盖视频、电子书、PPT等共享给大家！
Linux最新使用vsearch进行16s扩增子高通量序列分析步骤_vsearch安装(3)，2024年最新手撕面试官
05-10 927
##python脚本环境需要py2，使用前可以先使用conda激活conda环境，或者直接在py2环境下运行。###现在版本的vsearch还是alpha版本，所以先用usearch开放版本处理。2、在工作中，运维人员经常需要跟运营人员打交道，请问运营人员是做什么工作的?6、Squid、Varinsh和Nginx有什么区别，工作中你怎么选择?5、LVS、Nginx、HAproxy有什么区别?7、Tomcat和Resin有什么区别，工作中你怎么选择?3、现在给你三百台服务器，你怎么对他们进行管理?
2扩增子分析流程1
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操作系统方面，Linux环境和Shell命令行操作是常见的选择，配合R语言和RStudio作为数据分析和可视化的环境。此外，还需要使用像GitForWindows这样的工具来管理和同步代码，以及XShell/PuTTY进行远程服务器访问，...
vsearch:用于微生物组分析的多功能开源工具
04-28
VSEARCH 介绍 该项目的目的是创建由Robert C. Edgar（2010）开发的工具的替代方案。 新工具应： 具有适当的开源许可证的开源代码 免费，免费 采用64位设计，可以处理非常大的数据库和超过4GB的内存 与usearch一样准确或更准确 比usearch快或快 我们已经实现了一个称为VSEARCH的工具，该工具支持基于从头和参考的嵌合体检测，聚类，全长和前缀去重复，重复复制，反向互补，掩蔽，全对全成对全局比对，精确和全局比对搜索，混排，二次抽样和排序。 它还支持FASTQ文件分析，过滤，转换和合并成对的末端读取。 VSEARCH代表矢量化搜索，因为该工具利用SIMD矢量化形式的并行性以及多个线程来高速执行精确对齐。 与默认情况下使用启发式种子和扩展对齐器的USEARCH相比，VSEARCH使用了最佳的全局对齐器（完全动态编程Needleman-Wunsch）。 这通常
USEARCH — 最简单易学的扩增子分析流程(中国总代理)
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
11-27 562
USEARCH —— 最简单易学的扩增子分析流程USEARCH官方英文主页：http://www.drive5.com/usearch/本站经USEARCH作者Robert Edgar授...
USearch: 轻量级高性能向量搜索引擎的实践指南
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USearch是一个单文件向量搜索引擎，其核心功能与广为人知的FAISS相似。两者都采用了HNSW（Hierarchical Navigable Small World）算法来实现高效的近似最近邻（ANN）搜索。更加轻量化和广泛兼容注重用户自定义度量更少的依赖这些特点使得USearch在保持高性能的同时，更易于集成和使用。USearch为开发者提供了一个强大而灵活的向量搜索解决方案。通过本文的介绍和示例，你应该已经掌握了USearch的基本使用方法。USearch官方文档LangChain文档。
扩增子分析神器USEARCH简介
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
10-09 7725
本文中引用统计采用Google学术，统计日期截止2017年10月9日。Usearch简介主页：http://www.drive5.com/usearch/ 1. Usearch是什么？ 它是超快的序列分析软件，在序列比对、聚类、操作等多领域广泛应用。在扩增子分析领域的OTU聚类最受欢迎，单人发文至Nature Method，而且目前已经集成了全部扩增子分析流程。截止2017年10月9日，Goog
向量数据库:usearch的简单使用+实现图片检索应用
ResumeProject的博客
01-07 2014
向量数据库usearch的简单使用和试用其实现图片查询应用
MPB：遗传发育所刘永鑫等-易扩增子：易用、可重复和跨平台的扩增子分析流程...
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
03-05 8999
为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量，本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后，采用公众号推送方式分享全文，任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题，建议电脑端点击文末阅...
三代Pacbio进行细菌16S全长测序
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做扩增子测序你一定纠结过我到底测细菌的哪个区呢，V3+V4，或者V4+V5？细菌的16S全长一共有V1-V9九个区不管选一个区还是两个区，我们在进行物种注释时都无法将其准确注释到物种水平而仅仅是属水平。这也与目前最为广泛所有的Illumina技术特点有关，尽管其不断发展可以扩大其测序的通量，但其进行测序反应时必须让每个DNA站立结合在Flow cell 上的每个Index上，如果每个DNA长度太长...
三代全长扩增子——微生物多样性HiFi 3.0时代全面来袭！
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16s全长扩增子，更精确，更灵敏，更保真！更有凌恩生物特惠支持，再也不用焦头烂额，研究烦恼统统解决！
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