单细胞RNA测序（scRNA-seq）Cellranger流程入门和数据质控

最新推荐文章于 2025-03-06 11:25:53 发布

生信与基因组学

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分类专栏：单细胞RNA-seq分析文章标签：数据分析数据挖掘 linux

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本文介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的数据下载、质控以及Cellranger软件的安装和功能测试。通过SRA数据下载，fastq-dump拆分，fastqc质控，以及cellranger软件的主要应用，包括mkfastq、count、aggr和reanalyze功能，帮助理解scRNA-seq的工作流程。

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单细胞RNA测序（scRNA-seq）Cellranger流程入门和数据质控

单细胞RNA测序（scRNA-seq）基础知识可查看以下文章：

单细胞RNA测序（scRNA-seq）工作流程入门

单细胞RNA测序（scRNA-seq）细胞分离与扩增

1. 单细胞RNA-seq样本数据说明

样本数据来源文章：Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I HLA（由I类HLA转录丢失引起的对联合免疫疗法的获得性癌症抗性）

文章链接：https://www.nature.com/articles/s41467-018-06300-3

患者2586-4和9245-3样本 Cell ranger的使用
数据GSE信息

2. 单细胞数据下载

根据上述文章可用性部分描述，文章在NCBI 的GEO数据库中编号分为为GSE117988和GSE118056。

GSE117988： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE117988
GSE118056：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE118056

下载GEO数据库SRA数据参考文章：单细胞RNA测序（scRNA-seq）SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分

2.1 SRR_Acc_List.txt

SRR_Acc_List.txt文件内容如下：

SRR7722937
SRR7722938
SRR7722939
SRR7722940
SRR7722941
SRR7722942
SRR7692286
SRR7692287
SRR7692288
SRR7692289

2.2 SRA数据下载和fastq-dump拆分

此步骤时间漫长，需要长时间等待，可以后台运行。

# conda install -c bioconda sra-tools

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