生信学习者1-CSDN博客

本教程以 R 语言为工具，系统地展示了分析气候变量对水源使用影响的全过程。首先对原始水采集数据进行清洗与转换，生成二元变量并标准化降水量数据；随后定义分析变量，将关键数据转换为合适的数据类型；接着通过逻辑回归模型，对不同变量组合进行分析，计算优势比和置信区间，量化气候变量与水源使用的关系。最后，利用ggplot2进行可视化，绘制点图与误差线图，并通过patchwork组合图形，清晰展示分析结果。

2025-04-28 00:30:00 606

原创【工具】scMultiMap基于单细胞多模态数据实现增强子与靶基因的细胞类型特异性映射

【工具】scMultiMap基于单细胞多模态数据实现增强子与靶基因的细胞类型特异性映射

2025-04-27 18:45:59 805

原创【数据分析】基于 R 语言的水采集数据空间分析：一阶差分回归与固定效应建模指南

本教程以 R 语言为工具，针对水采集数据开展空间一阶差分回归分析，实现了从数据准备到结果输出的全流程操作。通过加载必要 R 包、设置数据子集参数，完成数据初步处理；利用自定义函数对数据进行缩放和虚拟变量转换，为回归模型构建做好铺垫。借助batchlm函数结合不同时间滞后，全面分析气候变量对目标变量的影响，并运用并行计算提升分析效率。最终将各时间滞后的回归结果汇总保存，为研究提供清晰的数据支撑。

2025-04-26 01:30:00 249

原创【科研绘图系列】R语言绘制区间点图（dot plot）

【科研绘图系列】R语言绘制区间点图（dot plot）

2025-04-26 00:30:00 153

原创【科研绘图系列】R语言绘制带有数值变化的非洲图（map plot）

【科研绘图系列】R语言绘制带有数值变化的非洲图（map plot）

2025-04-25 01:15:00 133

原创【科研绘图系列】R语言绘制非洲地图（African map）

【科研绘图系列】R语言绘制非洲地图（African map）

2025-04-25 00:45:00 102

原创【数据分析】酵母实验多指标数据的 R 语言分析与可视化

本教程使用 R 语言对酵母相关的多个实验数据集进行综合分析，旨在探究不同因素对多种实验指标的影响。首先，教程加载了众多必要的 R 包，以支持后续的数据处理、可视化和统计分析。

2025-04-24 10:57:22 359

原创【文献分享】Leveraging deep single-soma RNA提供了数据和代码

【文献分享】Leveraging deep single-soma RNA提供了数据和代码

2025-04-24 10:20:43 606

原创【文献分享】Multimodal transcriptomics提供了代码和数据

【文献分享】Multimodal transcriptomics提供了代码和数据

2025-04-24 09:54:27 805

原创【工具】miss-SNF一种多模态患者相似性网络整合方法以处理完全缺失的数据源

【文献分享】miss-SNF一种多模态患者相似性网络整合方法以处理完全缺失的数据源

2025-04-24 08:30:15 554

原创【数据分析】宏基因组alpha和beta多样性分析和差异物种筛选案例

本教程为读者呈现了宏基因组α和β多样性分析的完整案例。通过实际数据和详细步骤，读者可以深入理解这两种分析方法及其在R语言中的实现过程。教程中不仅提供了清晰的代码示例，还对每一步骤进行了详细解释，使读者能够轻松跟随并掌握分析技巧。无论是初学者还是有一定基础的研究者，都能通过本教程快速上手宏基因组多样性分析，为微生物组学研究提供有力支持。

2025-04-23 02:00:00 424

原创【科研绘图系列】R语言绘制进化树和箱线图（ cladogram & boxplot）

【科研绘图系列】R语言绘制进化树和箱线图（ cladogram & boxplot）

2025-04-23 01:00:00 90

原创【文献分享】Model-based evaluation提供了数据和代码

【文献分享】Model-based evaluation提供了数据和代码

2025-04-22 22:43:49 707

原创【科研绘图系列】R语言绘制柱状图（histogram plot）

【科研绘图系列】R语言绘制柱状图（histogram plot）

2025-04-22 01:00:00 55

原创【科研绘图系列】R语言绘制物种指数相关散点图（scatter plot）

【科研绘图系列】R语言绘制物种指数相关散点图（scatter plot）

2025-04-22 01:00:00 108

原创【数据分析】Amplicon sequence扩增子下游数据分析流程

这份教材为微生物组数据分析提供了一个全面的指南，涵盖了从数据加载到结果可视化的全过程。通过详细的步骤和丰富的图表，教材帮助研究人员深入理解微生物群落的结构和功能，揭示微生物群落的生态学特征。教材不仅提供了实用的代码示例，还通过实际数据展示了如何进行微生物组数据分析，使其成为一个非常有价值的资源。

2025-04-21 01:00:00 491

原创【科研绘图系列】R语言绘制分组柱状图（histogram plot）

【科研绘图系列】R语言绘制分组柱状图（histogram plot）

2025-04-21 00:15:00 34

原创代谢组数据分析（二十四）：基于tidymass包从质谱原始数据到代谢物注释结果的实践指南

代谢组数据分析（二十四）：基于tidymass包从质谱原始数据到代谢物注释结果的实践指南

2025-04-19 16:57:13 253

原创【科研绘图系列】R语言绘制多个气泡图组合图（bubble plot）

【科研绘图系列】R语言绘制多个气泡图组合图（bubble plot）

2025-04-18 22:12:48 208

原创【文献分享】The complexity of tobacco提供了数据和代码

【文献分享】The complexity of tobacco提供了数据和代码

2025-04-18 03:30:00 833

原创【数据分析】基于R语言的微生物LEFSe差异分析方法的实现及结果可视化

通过本教程的学习，用户将能够掌握在R语言中进行微生物LEfSe差异分析的方法，并能够有效地对分析结果进行可视化展示，为微生物群落的研究提供有力的工具和方法。

2025-04-17 02:00:00 382

原创【科研绘图系列】R语言绘制地图和拟合散点图（map & linechat plot）

【科研绘图系列】R语言绘制地图和拟合散点图（map & linechat plot）

2025-04-17 00:45:00 129

原创生信初学者教程（三十八）：文章的参考文献

生信初学者教程（三十八）：文章的参考文献

2025-04-16 04:00:00 36

原创生信初学者教程（三十七）：文章的初稿 manuscript

经过对研究背景、目的、方法、结果和结论的详细阐述，我们将文章的各个部分初步整合成一篇完整的初稿。然而，需要注意的是，尽管初稿已经形成，但为了确保文章的质量和可读性，它仍需经过一系列的精修和校对过程。

2025-04-16 01:00:00 257

原创【文献分享】Gut microbiome evolution提供了分析代码和数据

【文献分享】Gut microbiome evolution提供了分析代码和数据

2025-04-15 17:22:31 856

原创生信初学者教程（三十六）：文章的结论和摘要

这两部分都是总结性的部分，因此将它们放置在一起。

2025-04-15 03:30:00 34

原创生信初学者教程（三十五）：文章的讨论

文章的讨论部分应与结果部分形成互补关系，其核心任务是对结果进行深入分析和阐释。

2025-04-15 01:00:00 134

原创生信初学者教程（三十四）：文章的方法

在数据分析进行的同时，我们可以逐步撰写方法部分，确保其与结果紧密相连。一旦结果部分完成，方法部分应根据结果的逻辑顺序进行分类和组织。在描述所使用的软件和平台时，必须提供详尽的版本信息，以确保研究的透明度和可重复性。

2025-04-14 17:00:00 137

### 【生物信息学】基于R语言的STAMP图绘制：宏基因组数据分析与可视化

内容概要：本文介绍了如何使用R语言绘制STAMP图（STAMP Plot），这是一种用于宏基因组数据分析的统计图表。STAMP图能够展示不同组别间的效应大小、置信区间及统计显著性。文中详细描述了数据准备、T检验结果生成、画图数据准备以及最终图表的绘制过程。具体步骤包括加载必要的R包、导入和预处理数据、进行T检验以生成p值，并使用ggplot2库绘制STAMP图的三个主要部分：左侧的组间均值条形图、中间的组间差异检验结果图（T检验结果）和右侧的T检验p值图。最后，通过patchwork包将这三个图形拼接成一个完整的STAMP图。适合人群：具备一定R语言编程基础，对生物信息学和宏基因组数据分析感兴趣的科研工作者。使用场景及目标：①理解宏基因组数据分析中STAMP图的作用及其组成部分；②掌握如何用R语言实现STAMP图的绘制，包括数据预处理、统计分析和可视化。其他说明：此文档仅限于个人自学使用，禁止商业或二次转载。文中使用的示例数据来自著名的鸢尾花数据集（iris），并且提供了详细的代码解释，帮助读者更好地理解和实践。此外，文档还提及了如何调整图表的主题和样式，以确保最终输出与STAMP软件的结果一致。

2025-04-20

科研绘图R语言ggpubr包在数据可视化中的应用：多种图表类型与统计分析整合

内容概要：本文档介绍了R语言中的ggpubr包，该包作为ggplot2的一个扩展工具，旨在简化科研绘图过程并提供更直观的绘图方式。文档详细讲解了ggpubr包的安装方法、数据准备以及多种类型的图表绘制，包括密度图、柱状图、箱线图、小提琴图、点图、有序条形图、偏差图、棒棒糖图、散点图、气泡图、连线图和二维密度图等。特别强调了stat_compare_means函数的应用，它可以进行假设检验并将结果直接展示在图形上，极大地方便了科研人员和数据分析师的工作。适合人群：具备一定R语言基础并希望提高科研绘图能力的研究人员、数据分析师和学生。使用场景及目标：①学习如何利用ggpubr包快速高效地创建高质量的科研图表；②掌握不同类型图表的绘制方法及其应用场景；③理解如何通过图形直观展示数据差异及统计检验结果，提升数据分析和报告的质量。其他说明：文档禁止商业或二次转载，仅供自学使用。在学习过程中，建议读者跟随示例代码进行实践操作，同时结合实际研究需求调整参数，以达到最佳的绘图效果。此外，文档提供了多种图表组合的方式，如边沿图、混合图表等高级技巧，帮助用户创建更加复杂和美观的可视化作品。

2025-04-20

### 数据科学R语言基础图形合集：科研绘图指南与实现

内容概要：本文档是关于R语言的基础图形合集，详细介绍了多种常见图形的绘制方法及其应用场景。文档首先强调了图形可视化在数据分析中的重要性，指出R语言作为统计学家为解决统计问题而开发的语言，在数据可视化方面具有显著优势。随后，文档依次讲解了散点图、直方图、箱线图、面积图、热图、相关图、折线图、韦恩图、火山图、饼图、密度曲线图、边界散点图、边缘箱图/直方图、拟合散点图、相关系数图、水平发散型文本、水平棒棒糖图、去棒棒糖图、时间序列图、堆叠面积图、分层树形图、聚类图、气泡图、小提琴图、核密度图、柱状图、连接散点图、二维密度图、条形图、雷达图、词云、平行坐标图、棒棒糖图、循环条形图、分组堆积图、矩形树图、圆圈图、系统树图、圆形图、分组线条图、面积图、面积堆积图、Streamgraph等多种图形的绘制方式，并提供了相应的代码示例。适用人群：适用于具有一定编程基础的数据分析师、科研人员以及对R语言感兴趣的自学者。使用场景及目标：①帮助读者理解不同类型图形的特点及适用场景；②通过实际案例和代码示例，指导读者如何利用R语言进行数据可视化；③提升读者的数据分析能力，使其能够根据具体问题选择合适的可视化工具和技术。其他说明：本文档仅用于自学，禁止任何形式的商业或二次转载，如需引用部分内容，请联系作者获取授权。文档内容丰富详实，不仅涵盖了图形绘制的基本语法，还深入探讨了图形设计的原则和技巧，旨在帮助读者掌握R语言图形可视化的精髓。

2025-04-20

科研绘图基于ggplot2的箱线图绘制：带有出现率百分比的多组别数据分布比较及可视化

内容概要：本文介绍了如何使用ggplot2包绘制带有出现率百分比的箱线图，并展示了三种不同风格的箱线图：普通ggplot2风格、prism风格以及网格状箱线图。首先，箱线图能提供数据的中位数、四分位数、异常值、最小值和最大值及偏斜性等信息，非常适合比较不同组别的数据分布。文章以鸢尾花数据集为例，详细讲解了绘制箱线图的具体步骤，包括加载R包、导入数据、处理数据并计算每个分组中Sepal.Length指标的出现率。接着，通过ggplot2的函数逐步构建箱线图，如geom_boxplot()、stat_boxplot()、geom_point()等，最后对图表进行美化，如调整坐标轴、添加文本标签、设置点大小比例尺等。此外，还介绍了如何使用ggprism包实现prism风格的箱线图，以及patternplot包创建网格状箱线图，以满足不同场景下的可视化需求。适合人群：具备一定R语言基础，从事生物信息学或数据分析的研究人员。使用场景及目标：①科研工作者需要展示不同组别数据分布特征时；②希望将R绘图与Prism软件中的数据可视化风格统一；③需要创建网格状箱线图来直观比较多个组别或条件下的数据分布。阅读建议：由于涉及到较多R代码细节，在阅读过程中应结合实际操作练习，理解每个函数的作用及其参数配置，同时注意代码中的注释说明。

2025-04-20

科研绘图领域：tidyplots包替代ggplot2实现高效美观的论文图表制作

内容概要：本文介绍了R语言中的新工具——tidyplots，它是新一代的科研绘图包，旨在简化科研用图表的创建流程，提供了一套更加简洁直观且高效的语法。与传统的ggplot2相比，在生成用于科学研究和学术出版物级别的图形方面，tidyplots拥有更高的灵活性。文中不仅详细解释了如何安装此软件包（包括正式发布版本与开发者分支），而且列举了很多具体的实例来展示不同的绘图方法及其效果，如添加均值线段图、堆叠柱状图等各类高级操作，并探讨了几种常见的颜色搭配技巧。适合人群：对于希望通过R编程快速生成高质量统计图的研究工作者来说是非常实用的内容，特别有助于那些从事自然科学领域研究并且需要频繁进行数据分析汇报的人群。使用场景及目标：当研究人员想要利用R环境绘制精准、精美的数据分布特征图时，可以考虑采用这个强大而灵活的新款作图工具代替旧有选项。无论是在撰写期刊文章还是参与研讨会演示过程中，都能借助tidyplots构建符合行业标准的专业图表，提高成果展示的效果和说服力。其他说明：推荐感兴趣的读者进一步访问官方提供的帮助文档，了解更多细节和技术内幕。此外还附上了几个关键链接以便于后续查阅资料以及

2025-03-25

科研绘图系列：R与Python在数据可视化中的应用及代码比较

内容概要：本文详细比较了R和Python在绘制散点图、箱线图、条形图和热图时的实现方式和代码细节。R因其强大的统计功能和丰富的图形库，在数据分析和可视化方面具有明显优势；而Python凭借其通用性和灵活的数据可视化库，同样适用于科学计算和数据可视化任务。通过具体实例展示了两种语言的各自特点，如R的ggplot2与Python的matplotlib/seaborn库的应用，并利用reticulate包实现了两者的协作，便于不同工具间的数据流动。适合人群：对数据可视化感兴趣的科研人员、学生以及数据科学家；有一定编程基础并希望深入了解R和Python绘图能力的专业人士。使用场景及目标：用于科学研究和技术报告中的图表制作；学习不同编程语言的数据可视化技术和最佳实践；探索如何结合R和Python的优势进行高效的数据展示。其他说明：文中附有详细的代码片段及其解释，有助于读者理解和实践两种语言的具体用法；注意本文禁止商业二次修改，仅限个人自学使用，确保尊重作者权利的同时保障资料的质量与权威性。

2025-03-25

【科研绘图系列】R语言绘制SCI论文图合集

【科研绘图系列】R语言绘制SCI论文图合集 R语言绘制SCI论文，提供完整的数据和代码，方便大家学习

2025-02-19

在R语言中，安装R包是数据分析过程中不可或缺的一部分当你需要执行特定的统计测试、可视化或其他任务时，你可能会发现相应的功能已经被封装在一个或多个R包中

在R语言中，安装R包是数据分析过程中不可或缺的一部分。当你需要执行特定的统计测试、可视化或其他任务时，你可能会发现相应的功能已经被封装在一个或多个R包中。然而，对于新手或需要一次性安装多个R包的用户来说，这个过程可能会有些繁琐。为了大规模安装所需要的R包，你可以使用几种不同的方法。

2025-01-23

数据分析：广义估计方程和混合线性模型的R和python语言实现教程

2024-11-19

科研人员如何在国内高速下载测序数据SRA

2024-11-19

数据分析：RT-qPCR分析详解及R语言绘图结果图

2024-11-19

数据分析：R语言详解方差分析ANOVA的计算步骤

2024-11-19

科研绘图系列：R语言ggheatmapper热图实操教程

2024-11-19

科研绘图系列：R语言绘制气泡图（bubble plot）

2024-11-19

科研绘图系列：Python语言绘制SCI论文图表案例

2024-11-19

文献分享：MongolianHCC文章提供了基因组分析的代码

2024-11-19

数据分析：随机森林random forest在二分类中的应用

2024-11-19

数据分析：转录组差异分析总结（DESeq2+limma+edgeR+t-test/wilcox-test

本文要点由以下几点构成： 1. 下载以及导入测试数据（批量安装R包）； 2. 基因表达count矩阵的标准化方法（F(R)PKM/TPM）； 3. 基因整体水平分布（PCA/tSNE/UMAP；heatmap）； 4. *DESeq2*差异分析实现以及结果解析； 5. *limma*差异分析实现以及结果解析； 6. *edgeR*差异分析实现以及结果解析； 7. 结合*t-test*或*wilcox-rank-sum-test*方法的差异分析实现以及结果解析（是否符合正态分布选择检验方法）； 8. 不同方法的结果比较（volcano plot+heatmap+venn）； 9. 总结。

2024-11-19

空空如也

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### 【生物信息学】基于R语言的STAMP图绘制：宏基因组数据分析与可视化

科研绘图R语言ggpubr包在数据可视化中的应用：多种图表类型与统计分析整合

### 数据科学R语言基础图形合集：科研绘图指南与实现

科研绘图基于ggplot2的箱线图绘制：带有出现率百分比的多组别数据分布比较及可视化

科研绘图领域：tidyplots包替代ggplot2实现高效美观的论文图表制作

科研绘图系列：R与Python在数据可视化中的应用及代码比较

【科研绘图系列】R语言绘制SCI论文图合集

在R语言中，安装R包是数据分析过程中不可或缺的一部分 当你需要执行特定的统计测试、可视化或其他任务时，你可能会发现相应的功能已经被封装在一个或多个R包中

数据分析：广义估计方程和混合线性模型的R和python语言实现教程

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数据分析：随机森林random forest在二分类中的应用

数据分析：转录组差异分析总结（DESeq2+limma+edgeR+t-test/wilcox-test

数据分析：基因突变瀑布图统计以及可视化

科研绘图系列：R语言雨云图展示更多数据分布信息

科研绘图系列：箱线图加百分比点图展示组间差异

使用ggplot2桑基图画图

空空如也

在R语言中，安装R包是数据分析过程中不可或缺的一部分当你需要执行特定的统计测试、可视化或其他任务时，你可能会发现相应的功能已经被封装在一个或多个R包中