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RSS订阅原创 论文作者和单位太多？如何快速整理和修改
所以我简单写了一个R函数，实现从整理好的作者-单位表格中自动生成符合规范的作者-单位 Rmarkdown文件，然后点击一下knit就可以生成对应的word文件，上标也不需要自己手动设置。但现在的研究更多都是交叉性质的，可能会涉及到很多课题组合作，一些大的研究可能还会有几十个作者和单位，比如下面一篇cell，一页纸都写不完。SCI论文投稿时，我们要整理好作者和对应的单位，一般用数字上标对应下面的单位信息，然后用一些特殊符号如“#，*”来代表贡献相同的作者或者通讯作者。一次手打完，不改了就还好，
2025-05-06 22:06:23
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原创 Critical Care: ICU医护人员肠道抗生素耐药基因显著增加
这项多中心研究揭示了ICU医护人员肠道ARG丰度和微生物群多样性的显著升高，提示职业暴露可能是重要驱动因素。
2025-05-04 15:15:41
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原创 宏基因组分箱（binning）｜4. DAS Tool优化binning结果
DAS Tool是一种自动化方法，能够整合多个已有的分箱算法的结果，生成优化的、非冗余的高质量的bins。
2025-04-24 10:34:59
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原创 MetaNet：多组学网络分析工具｜7.网络模块分析
模块（module）或社区（community）是指网络中连接更为紧密的子图结构，这些模块通常代表功能相关的节点群组。
2025-04-20 16:15:14
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原创 MetaNet：多组学网络分析工具｜6.网络拓扑指标分析
网络拓扑（Network Topology）是指网络中节点与边的连接模式所呈现的全局或局部结构特征。
2025-04-20 16:14:55
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原创 SQLite使用基础以及在R中操作数据库
在生物信息学分析中经常会碰到db文件，掌握数据库的基本操作，不仅有助于数据存储，还能提高数据查询和处理的效率。
2025-04-13 20:36:26
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原创 MetaNet：多组学网络分析工具｜1.基础介绍
网络分析是各种组学数据分析的重要组成部分，我在生信学习过程中写了个R包MetaNet用于多组学网络分析，这里先简单介绍一下。
2025-04-11 00:43:58
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原创 功能基因探索：木质纤维素（lignocellulose）降解
木质纤维素（lignocellulose）是一种由纤维素（cellulose）、半纤维素（hemicellulose）、果胶（pectin）和木质素（lignin）等聚合物组成的复合物，生物体通过多种方式降解木质纤维素。
2025-03-20 11:04:26
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原创 容器（Docker & Singularity）使用入门
Docker和Singularity作为两种主流的容器解决方案，在生信领域得到了广泛应用。
2025-03-10 11:37:53
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原创 BGC Atlas助力宏基因组中生物合成基因簇的发现与分析
BGC Atlas从公开数据集中识别并聚类BGCs，为探索和分析宏基因组中的BGC多样性提供了便捷的工具。
2025-02-26 23:32:24
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原创 宏基因组分箱（binning）｜3. BASALT优化binning流程
这篇文章将介绍一个较新的binning流程：BASALT及其具体使用方法。
2025-02-18 16:12:37
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原创 使用Kraken进行16S/ITS物种注释（超快）
Qiime2物种注释可真慢呀😂，赶紧找了Kraken的替代方法，Kraken用于16S是现成的。但是ITS的Unite数据库需要自己构建，自己折腾了一下解决了。
2025-01-15 00:10:52
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原创 生物合成基因簇家族（GCF）数据库 BiG-FAM
通过将从当前可用的基因组和 MAG 中识别的大规模全球 BGC 集合作为数据源，BiG-FAM 提供了可探索的微生物次生代谢多样性“图集”，以浏览和搜索跨类群的生物合成多样性。
2025-01-08 13:34:04
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原创 扩增子(Amplicon)数据分析流程|Qiime2
扩增子（Amplicon）分析是研究微生物群落组成与功能的核心方法之一，这里学习并搭建一下自己用的比较舒服的流程。
2025-01-06 23:31:22
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原创 iPhylo 生成并绘制优美的分类树（物种+化学）
iPhylo 是一个免费的用于生成，注释和可视化分类树的在线网站，可以绘制物种，化合物和其他层级结构的各种树图并方便地添加复杂注释信息。
2025-01-02 17:42:55
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原创 巨型病毒(Giant virus)生物学和多样性研究
巨型病毒的发现是生物学上最引人注目的突破之一，其衣壳与某些细菌一样大，具有Mbp范围的基因组和通常仅在细胞生物中发现的各种特征。
2024-12-02 15:03:16
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原创 微生物学名-中文名称转换（可批量）
对于微生物研究，虽然平时我们用的都是正式的拉丁学名，但有时我们还是需要查阅一些相关生物的正式中文名称（有时候还需要大批量的转换），方便做中文的展示或者写中文论文使用。
2024-11-20 22:46:34
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原创 一些有趣的绘图R包
R语言是平时统计分析，科研绘图的利器，除了很多非常严肃标准的可视化外，还经常可以看到一些非常有趣的绘图R包，不得不佩服开发者们的创意。
2024-10-13 13:37:10
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原创 使用InStrain进行宏基因组群体分析
InStrain是一个用于微生物群体分析的软件包，它可以从微生物群体中提取遗传多样性，并对其进行可视化。本文介绍了InStrain的安装和使用方法，如何使用InStrain进行宏基因组群体分析。
2024-09-04 21:36:12
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原创 浙江大学蒋超实验室在JHM发文揭示日常使用量的一次性纸杯释放的微塑料或可能影响孕期健康
实验室通过热水冲泡一次性纸杯释放的微塑料研究，系统揭示了日常生活中真实来源的孕期微塑料暴露，对生殖和代谢性能的影响和调控机制。
2024-08-21 17:56:32
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原创 使用PhaGCN2/vConTACT2进行病毒分类注释
病毒的分类注释一直是个难题，PhaGCN2/vConTACT2基于病毒基因组间共享的蛋白质簇（PCs）构建的基因共享网络来进行分类注释，这里简要介绍一下用法。
2024-08-21 17:56:13
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空空如也
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